巴赫该感谢他的长兄约翰·克里斯多夫·巴赫——一位杰出的管风琴演奏家，管风琴大师巴赫贝尔的学生。父母去世后，巴赫投奔长兄，来到奥尔德鲁夫。尽管在最初的日子里，长兄对于巴赫提出的各种音乐方面的问题反应冷淡，尽管巴赫极尽恳求长兄阅读他的音乐手抄谱仍遭到拒绝，但是，在10~15岁这段最重要的时间里，跟随哥哥学习各种音乐技法，甚至有幸受到哥哥的老师帕赫贝尔大师在古钢琴和管风琴演奏方面的帮助与指点，对巴赫的音乐生命来说是至关重要的。很多时候，人们误解巴赫与哥哥之间的关系，想当然地认为一个孤儿在长兄的家中，与五个侄儿一起生活，经济条件又如此拮据，定会饱受寄人篱下之苦。事实上，巴赫和长兄之间感情颇深，克里斯多夫去世时年仅50岁，巴赫以管风琴谱写了一首《E大调随想曲》献给他，并在悼念哥哥的讣文中满怀感情地叙述了一件事：凭着对音乐的浓郁兴趣，他要阅读长兄珍藏的音乐资料，而长兄拒绝后将罗伯盖尔等大师的手抄乐谱锁进书柜。巴赫日思夜想，每日趁长兄熟睡，溜进书房，打开书柜，偷偷抄写乐谱。时间久了，终被察觉，长兄愤怒之下将巴赫的笔记撕得粉碎。巴赫未因此记怨长兄，并且戏称这件事为“天真无邪的欺骗行为”。确实巴赫与克里斯多夫之间的感情绝非能够如抄写的乐谱一样被撕碎，这种感情并不仅限于兄弟间的手足之情、抚养之恩，更有作为巴赫音乐学习历程中指路者的师生之友谊。
巴赫一生与管风琴相伴，它不但是最能体现巴赫艺术造诣的乐器之一，而且为他创作其他键盘作品提供了契机。巴赫打破了管风琴的传统演奏惯例，更加注重和声效果，首创五指并用的演奏技巧，并将踏板技巧与键盘技巧紧密结合，甚至有时会在手脚不够时，用嘴衔起一根木棒触键，因此制造出了前所未有的音响效果。1714年年底，巴赫访问卡塞尔城，为弗里德里希亲王演奏管风琴时引起了轰动，有人这样回忆当时的情形：“他的脚在踏板上飞行，仿佛是长了翅膀一样，使得声音像暴风雨中的雷鸣闪电一样在回响。”亲王被巴赫的演奏技巧所震撼，当即退下手指上的戒指赠给他。“就像希腊只有一个荷马，罗马只有一个维吉尔，德国也只有一个巴赫。在管风琴和羽管键琴的演奏上，全欧洲迄今还没有人能与他相比，将来也不会有人能超过他。”这句来自于三个世纪前的评价，至今无人能够改变。