犹太人所在的地方是巴勒斯坦地区。在居鲁士和冈比西斯统治时期，这个地区与叙利亚一起属于波斯帝国的河外省。因为叙利亚和巴勒斯坦原来属于新巴比伦王国，所以当波斯人征服新巴比伦王国时，它们也就自然地归属于波斯帝国了。
据波斯人的资料和犹太人的《圣经》，犹太人在波斯帝国统治之下似乎占有特殊的地位。这种特殊地位首先表现在居鲁士对待被新巴比伦王国国王尼布甲尼撒二世俘虏到巴比伦尼亚的犹太人的态度上。尼布甲尼撒二世曾经两次攻占耶路撒冷，毁坏犹太人的神殿，劫掠神殿中的财物，屠杀犹太人，把许多犹太人掳掠到巴比伦尼亚，这就是历史上有名的“巴比伦之囚”：
……迦勒底人的王来攻击他们，在他们圣殿里用刀杀了他们的壮丁，不怜悯他们的少男处女，老人白叟……迦勒底王将神殿里的大小器皿与耶和华殿里的财宝，并王和众首领的财宝，都带到巴比伦去了。迦勒底人焚烧神的殿，拆毁耶路撒冷的城墙。用火烧了城里的宫殿，毁坏了城里宝贵的器皿。凡脱离刀剑的，迦勒底王都掳到巴比伦去，作他和他子孙的仆婢，直到波斯国兴起来。[35]
因此，犹太人和新巴比伦王国的矛盾非常尖锐。波斯人在进攻巴比伦时利用了这种矛盾，因此很容易就攻陷了固若金汤的巴比伦城。在征服巴比伦尼亚后不久，居鲁士就宣布将被尼布甲尼撒二世俘虏到巴比伦尼亚的数万犹太人放回耶路撒冷。据《圣经》的资料，从巴比伦尼亚返回耶路撒冷的犹太人有42360人，此外还有他们的仆婢7337人，又有歌唱的男女200人。[36]
犹太人被允许重建自己的神殿。耶路撒冷的神殿是在新巴比伦王国的尼布甲尼撒二世时期被摧毁的。在占领巴比伦尼亚后，大概是为了争取犹太人的支持，居鲁士让他们回到耶路撒冷，并让他们修复被破坏的城墙和神庙，允许他们在耶路撒冷重建自己的圣殿。这受到犹太人的欢迎。关于这件事，在古犹太语的铭文、《圣经》和波斯的铭文中都有记载。