道光二十年（1840）第一次鸦片战争的爆发，使清廷从“天朝上国”的迷梦中惊醒，身穿铠甲、手持大刀长矛或是拿着火器的天朝勇士输给了英夷，“天朝”的颜面丧失殆尽。在这一过程中，许多事物随着战事的推进悄然发生着改变，漕运是最早受到这种冲击的体制之一。
第一次鸦片战争图
战争期间，道光帝多次降旨，强调长江对漕运的重要性，认为瓜洲系南方五省漕粮总汇，扼要之地，命两江总督牛鉴小心防护。牛鉴回奏，瓜洲以下礁沙众多，即便是长江沿岸的渔船也不敢轻易下水，那么可推断夷船也不敢轻易在瓜洲行进。道光帝对此表示赞同，并用朱批回复：“览奏深慰廑念，仍着小心防范。”历史无情地证明，这些全为无稽之谈。中国通马理逊早就向英军统帅献计，漕运以江宁为咽喉，英军只需盘踞江面，阻绝南北，即可要挟清廷；否则扬言密招汉奸，挖冲高家堰堤，“计更无不得请者”。耆英等人借机恐吓道光帝：“传闻英人有战若不胜，即遣汉奸偷挖高堰之信，祸患尤不可问。与其兵连祸结，流毒愈深，不若姑允所请，以保大局。”由于早有进入长江、切断漕运的战略企图，英军沿长江一线猛攻，占领镇江后立即派舰队封锁运河口，将当时的近700只沙船阻断，切断了与北方的商业联系。事实上，英国早已有精细打算。有人分析，其侵入长江，“其意即在扼中国交通之冲要，借以要挟”，且镇江未陷以前，英军即以船封锁运河北口之瓜洲，“可知其断绝漕运之毒计，早决于未至镇江以前也”。尽管此年的河运漕船已先期运抵通州，美国学者还认为，正是因为英国军队“通过占领运河和长江交汇处的南京，切断了运河，从而为鸦片战争迅速有结果作出了重大贡献”。
签订《南京条约》双方代表合影旧照