历史文选，顾名思义，是从中国的古籍名著中选取代表性的片段，加以标点、注解，供学生学习的教材。提到古籍，就不能不谈版本。一部古籍，在千百年的流传过程中，不同的时期，不同的地域，会造成不同的传抄本或者版本。这些传抄本或者版本，虽然来源于同一个祖本，但是其文字、段落却不尽相同。历史文选的选文，无疑应该选用最接近祖本的传抄本或者版本。或者，将通行易得、校勘精审的本子介绍给学生也是可以的。可是，历史文选的编者们，不同程度地，没能做到这一点。
在我们要加以讨论的三种教材之中，周本对于版本无疑是最重视，而且编选者表现出了相当的版本学素养。但是，面对上下两千年，横通四部的典籍，周本及其修订者，在版本方面还是有些失误的。
（一）《史记》版本选用的一点小问题
该书上册第93页说，“据1959年中华书局出版《史记》，参考《百衲本二十四史》版《史记》”。中华书局点校本《史记》，直接依据张文虎校勘的金陵书局本标点，应该不是《史记》最好的本子。不过依据通行易得的标准，从中选取文章，还是可行的。然而，参考本选择百衲本，就属于失策。百衲本《史记》并非校勘性善本。
（二）汉书版本的选择
该书上册第146页说，“据中华书局1962年版《汉书》，参考《百衲本二十四史》版《汉书》”。中华书局点校本的《汉书》，以清王先谦《补注》本为底本，但是不收《补注》，只收颜《注》，形成了这么一个四不像的本子，其校勘也不是很认真。[1]所以从这个本子选择文章，应该是失策的。
（三）《水经注疏》版本的选择
该书上册第315页：“据1957年科学出版社影印本杨守敬《水经注疏》”。《水经注疏》版本有两个。这两个本子中较好的恰恰不是科学出版社的影印本，而是现存台湾的本子。1989年江苏古籍出版社出版，由段熙仲、陈桥驿点校的《水经注疏》，参校了台湾本，应该是比较理想的本子。