何祚庥是无书不读，各行各业的书他都喜欢读，都有兴趣了解。除了是个著名的科学家、反伪斗士之外，何祚庥还是一个研究《红楼梦》、象棋、戏曲、历史以及历史人物的专家。
由于何祚庥在自然科学和社会科学两方面的成就，被称为“两栖院士”。《中国科学技术前沿》、《宇宙》、《复杂性中的思维》、《一万个世界之谜》、《中华谜典》、《宇宙的起源》、《宇宙的最后三分钟》、《人类的起源》、《伪科学曝光》这类书自然是他经常翻阅的，也是必不可少的知识补给站。除此之外，何祚庥对历史以及历史人物感兴趣的程度也不亚于他对自己专业的研究。《前汉演义》、《后汉演义》、《雅史通俗演义》、《中国通史故事》、《1895～1995世纪档案》、《胡适自传》、《四大才女之蔡文姬》、《姚雪垠传》、《末代皇后和皇妃》、《康生外传》等书籍他都通读过。
何祚庥对“红楼”有着高度兴趣。他的书架上有很多关于《红楼梦》的著作：《红楼梦》、《红楼梦新证》、《红楼梦补》、《续红楼梦》、《红楼解梦》、《红楼梦大辞典》等。
何祚庥是个铁杆戏迷，光是昆剧《十五贯》，就一气看了六遍。何祚庥还是个戏曲研究者，从他收藏的《京剧大观》、《梨园一叶》、《翁偶虹编剧生涯》、《京剧流派剧目荟萃》、《范钧宏吕瑞明戏曲选》、《中国京剧史》、《梨园外史》、《梅兰芳艺术评论》、《戏曲演员创造角色论》等可见一斑。
很少有人知道，何祚庥以前还是个“棋迷”，年轻的时候他特别喜欢下象棋。现在虽然没有时间下了，但关于象棋的书他却收藏了很多：《中国象棋谱》、《中国象棋谱大全》、《象棋新潮布局》等等。很早的时候他就把《中国象棋谱》通读了一遍，以至于同学、朋友和他下棋没人能赢他。曾经有一段时间，他躺在**想着棋谱里的各种布局自己下盲棋。那会儿“象棋谱”之类的书很少很少，所以何老至今仍把这本书当宝贝一样珍藏着。