拉美西斯二世在92岁时去世，尸体被精心修饰，其奢侈程度超乎任何人的想象。经过70天，他的遗体被制成木乃伊，以一个伟大法老所能享用的最隆重的仪式下葬。当时的王位继承人，他的儿子莫尼普塔乘坐王舟，率领一支庞大的船队沿尼罗河将父亲的遗体送至底比斯。
一路上臣民百姓无不洒泪相送，向这位给他们带来太平盛世的伟大法老致敬。船队到达底比斯城后，送葬的队伍又朝开凿于帝王谷的陵墓进发，在王陵内安放的除了拉美西斯二世的棺椁之外，还有让拉美西斯二世在冥界也能过上富贵生活的无数珍宝，最后陵墓的大门被封上，以便法老能平安长眠。
但事与愿违，几十年以后，陵墓内陪葬的宝物被洗劫一空，拉美西斯二世的木乃伊也从此不得安宁。负责看守的埃及神职人员不得不多次搬动法老的木乃伊以防那些盗墓人打开木乃伊身上的绷带，偷取藏在内部的黄金饰物，大约在公元前1000年，拉美西斯二世和其他几位法老的木乃伊被藏到了底比斯附近的小城代尔巴哈里的哈特谢普苏特神庙内。
几千年过去，考古学家们一直找不到拉美西斯二世的木乃伊，最终，拉美西斯二世的木乃伊还是没有逃过盗墓者的光顾。在18世纪晚期，市场上突然出现了一大批古埃及的艺术精品。一位文物保护调查员顺藤摸瓜找到了一个盗墓家族。
1881年，拉美西斯二世的木乃伊被法国埃及学家加斯顿·马斯佩罗发现，并最终将其安放在埃及国家博物馆内。
长岛大学波斯特分校的埃及古物学者鲍伯·伯瑞尔说：“很少有人进入这座坟墓，我是其中之一，这段经历非常特别。这是历史发生的地方。”“这是埃及历史上最激动人心的发现。这里有不同王朝的木乃伊。人们第一次目睹了拉美西斯大帝的容貌，他也许就是《出埃及记》中描写的法老。”