居正既没，言官攻击不已，吴中行、赵用贤等以论夺情被杖，清议予之。至是号召群言，适中帝之积忌，而谤伤太过，适成顺旨希荣之快捷方式。阁臣许国愤而求去，疏言：“昔之专恣在权贵，今乃在下僚；昔颠倒是非在小人，今乃在君子。意气感激，偶成一二事，遂自负不世之节，号召浮薄喜事之人，党同伐异，罔上行私，其风渐不可长。”自是言官与政府日相水火。
十四年二月，册郑氏为皇贵妃。妃有殊宠，先于十年八月，王恭妃生皇子常洛，至是郑妃生常洵，进封贵妃，而王妃不益封，中外谓帝将废长而立爱矣。给事中姜应麟请立元嗣为东宫，帝怒，谪应麟广昌典史。吏部员外郎沈璟请立储，谪行人司司正。大学士申时行率同列再请建储，不听。时以旱霾求直言，郎官刘复初、李懋桧等显侵贵妃。时行请帝下诏，令诸曹建言止及所司职掌，听其长择而献之，不得专达。帝甚悦之。于是言者蠭起，皆指斥宫闱，攻击执政，帝概置不问，门户之祸大起。
万历间言官封奏，抗直之声满天下。实则不达御前，矫激以取名者，于执政列卿诋毁无所不至，而并不得祸，徒腾布于听闻之间，使被论者愧愤求去，而无真是非可言，此醉梦之局所由成也。申时行当国，承张居正后，逆揣帝意，为此以济其怠荒，养成止有朋党而无政府之状，政事军事，一切不可为，其端实启于此，庸主济以庸臣，所以合而酿亡国之祸也。但亦间有因言事而受处分者，无非好逸恶劳，好奢恶俭，好聚敛恶用财而致然耳。
是年十月，礼部主事卢洪春上言：“陛下连日以疾免朝，享庙遣官恭代。若真疾耶，则当以宗社为重，毋务为逸豫以基祸；若非疾也，则当以诏旨为重，毋务为矫饰以起疑。”疏入，帝大怒，传谕内阁数百言，极明谨疾遣官之故，责洪春悖妄，命拟旨治罪，阁臣拟夺官，不从，廷杖六十斥为民，给事御史先后申救，夺俸有差。