永历元年，清顺治四年。正月癸卯朔，帝在梧州。十六日戊午，李成栋以清兵取肇庆，帝奔平乐，瞿式耜从，诸臣多弃上自去，丁魁楚降于成栋，旋为成栋所杀。式耜奉帝由平乐如桂林。成栋尽取广东属郡，又取梧州、平乐、浔州。王坤又请帝入楚，式耜止之不得，请暂驻全州，疏言：“半年之内，三四播迁，兵心民心，无不惶惑。我进一步，敌亦进一步；我去速一日，敌来亦速一日。若去而不守，即拱手送敌，请得以身留桂。”乃进式耜文渊阁大学士，兼吏、兵二部尚书，留守桂林，以焦琏兵隶之。二月丙戌，十五日。帝幸全州，时定蛮侯刘承胤自武冈以兵入卫，驻全州。清兵取长沙，何腾蛟退衡州。孙可望连陷贵州列郡。三月乙卯，十四日。清兵攻桂林，式耜率琏拒战，破之。清兵既退，承胤援兵至，反与琏兵主客不和，相击斗，大抢而去。承胤逐王坤，名尊朝廷，劫驾幸武冈，改其州为奉天府，政事皆决焉，跋扈遂不可制。李成栋闻桂林有主客衅，再来犯，焦琏复大破之，桂林获全，成栋不复来窥。八月，琏复收阳朔、平乐，陈邦傅复梧州，全桂稍定。方择日迎驾返桂林，而降将孔有德、耿仲明等以清兵又由湖南克宝庆，逼奉天，刘承胤降，帝走靖州，又如柳州，复奔象州。式耜连疏请还跸桂林。清兵又连取永州、辰州，逼全州，何腾蛟御却之，复逼梧州，帝欲走南宁，道阻，乃还桂林。
二年，顺治五年。正月丁酉朔，帝在桂林。是日，降将金声桓偕其党王得仁以南昌叛清来归。得仁又克九江，寻引还。会声桓攻赣州，而桂林有郝永忠败兵入掠之乱，式耜被劫出城。帝走南宁，何腾蛟入援，清乘之取全州。式耜、腾蛟复入桂林。清兵直抵桂林北门，腾蛟督焦琏等大破之。闰三月，清历作四月。李成栋又以广东叛清，劫总督佟养甲来归，乃迎驾还肇庆。腾蛟亦复取全州、永州、衡州，诸军更连复宝庆、常德。既而军帅内哄，争驻军地不相下，尽弃湖南新复州县，楚事遂不可为矣。