六盘山是我国黄土高原西部保存较完整的山地森林生态系统，位于宁、甘、陕三省区交界处，是泾河、清水河、葫芦河的三河发源地，森林繁茂，溪流密布。在中国自然保护区分类系统中，六盘山属生物型自然保护区，是我国西北典型、重要的水源涵养林区。
一、物种遗传基因库
在全国三大自然特征区域和自然保护区区划与植被八大区域中，六盘山属西北干旱区域黄土高原区、暖温带落叶阔叶林区的山地森林生态系统，这决定了其森林生态系统功能的独特性和重要性。受东南暖湿气流影响，六盘山的气候、植被呈现由半湿润向半干旱、森林草原向半干旱草原过渡的特征，形成了其森林生态系统功能的过渡性。生境的多样性和自然保护区的良好自然环境，孕育了其森林生态系统丰富的物种多样性和西北地区重要的物种遗传基因库。
在六盘山植物区系分区中，本区属于泛北极植物区的中国—日本森林植物亚区、华北植物地区。本区无中国特有科，但有中国特有属6个，占该地区种子植物总属数的2%，中国特有种有300余种，占总种数的近50%。中国特有种中华北成分、西南成分、西北成分、华中—华东成分等均有分布。尽管中国特有植物在本区较多，但是地方特有种很少，仅有3种，分别是四花早熟禾、六盘山棘豆和紫穗披碱草。宁夏特有成分有细裂槭。陕甘宁特有的成分21种，如短柄五加、甘肃桃、卷边柳等。青甘宁特有成分2种，即无心菜和中华小苦荬。甘肃特有成分3种，即红花岩生忍冬、香荚蒾和密花早熟禾。陕甘宁特有成分有丝叶薹草、贫叶早熟禾等。华北成分为主，其次为西南成分。
六盘山是一座南北走向典型的狭窄石质山地类型，长期以来受内蒙古高原、黄土高原干旱气候和秦岭湿润气候的影响，气候的过渡特征明显。区内山体起伏较大，从海拔1750m上升到2920m，包括山地、丘陵、台地、沟谷等地貌类型，增加了生境的复杂性。六盘山森林自然保护区有针叶林、阔叶林、针阔混交林、中生落叶灌丛、耐旱落叶灌丛、草甸、草原等植被生境和自然景观，独特的自然生境孕育了保护区生物资源的多样性。依赖六盘山森林群落生存、繁衍的野生动植物极为丰富，是鸟类生存、迁徙及其他野生动物的栖息繁殖地，其中有许多是珍稀特有物种。六盘山自然保护区核心区和缓冲区内无居民生活，人为干扰极少，基本处于自然状态，为野生动物提供了丰富的食物和良好的生存、繁衍、进化空间，对物种的保存和延续具有重要作用，是重要的物种遗传基因库。