三省白莲教之役，为清代第一次长期之内乱，旗军之不得力，亦显露于此。其乱象与明季末年相仿佛。众股迭发，不相统率，残破各处，不据城池。出没三省，大股人数动辄数万。事亦起于乾隆中叶以后，而大发作于内禅告成太上训政之日。盖吏治至乾隆朝而坏，内乱之原，无不出于吏虐。康熙间崇奖清廉，大吏中有若汤斌、于成龙、张伯行、陈摈诸人为尤著。风声所树，为大吏者大率端谨。雍正时亦勤于察吏。至高宗则总督多用旗人，风气大坏。时方自谓极盛，乱机已遍伏矣。乾隆三十九年，山东寿张清水教民王伦，以治病练拳，号召徒党。于八月间起事，袭城戕吏，连陷旁邑，方据临清旧城夺新城，援军大集，擒伦于城中，凡一月而平。明年而白莲教事发河南鹿邑，遂为川、楚巨乱之嚆矢。
《圣武记》曰：“白莲教者，奸民假治病持斋为名，伪造经咒，惑众敛财，而安徽刘松为之首。乾隆四十年，刘松以河南鹿邑邪教事发被捕，遣戍甘肃，复分遣其党刘之协、宋之清授徒传教，遍川、陕、湖北。日久党益众，遂谋不靖，倡言劫运将至，以同教鹿邑王氏子曰发生者，诡明裔朱姓以煽动流伪。乾隆五十八年，事觉复捕获，各伏辜。王发生以童幼免死，戍新疆，惟刘之协远扬。是年，复迹于河南之扶沟，不获。
于是有旨大索。州县吏逐户搜缉，胥役乘虐，武昌府同知常丹葵奉檄荆州宜昌，株连罗织数千人，富破家、贫陷死无算。时川、湖、粤、贵民，方以苗事困军兴，而无赖之徒，亦以严禁私盐、私铸失业。至是益仇官思乱，奸民乘机煽惑，于是发难于荆、襄、达州，骎**于陕西而乱作。”
以上白莲教缘起。《东华录》不载，当出方略。《东华录》于嘉庆元年正月戊申朔，铺张内禅盛典。二十五日壬申，枝江、宜都白莲教聂杰人、刘鸣盛等纠众滋事，命惠龄剿之。惠龄，时湖北巡抚也。二月，擒聂杰人，而当阳白莲教林之华陷城戕官，命西安将军恒瑞率满兵二千往剿。三月初三日己酉，命乌鲁木齐都统永保往会剿。三月，襄阳白莲教姚之富与教首齐林妻王氏陷竹山、保康，施南之来风亦陷，扰及四川酉阳。而恒瑞复竹山。四月丙子朔，命将郧县郧西责成陕甘督宜绵督属办理。竹溪至保康，责成永保、恒瑞。当阳、远安、东湖责成湖广总督毕沅。枝江、宜都责成惠龄、富志那。襄阳、谷城、均州、光化责成侍卫鄂辉等。来风责成四川总督孙士毅。于是白莲教遍三省之交，三省大吏又益以北来禁旅尽赴军，声势浩然矣。未几，孙士毅且以剿来凤白莲教功晋男爵。又命直隶提督庆成、山西总兵德龄各以兵会。又散蒙古窃犯之在湖广、河南者，从军助骑队。六月，永保复请调湖南苗疆兵二万移剿。前督湖广之福宁，已调任督川留办兵事，与荆州将军观成破白莲教于旗鼓寨，投出者二千余，诱坑之，而以阵斩报，加宫保，益坚附从顽抗计。大帅麇集，各顿兵避战，久无功。赏复头等侍卫明亮追襄阳白莲教，教众走河南唐县，官军劳顿，复请增调山东、直隶兵四千，简健锐火器营兵各一千。九月，以和琳卒苗疆，诏明亮驰往湖南，遂受平苗封爵而返。十月，四川达州徐天德等激于胥役，与太平东乡王三槐、冷天禄等并起。四川故有啯民，盖金川之役，永保之父温福以大学士督师，于乾隆三十八年，败殁于木果木，逃卒无归，与悍民以剽掠为生计，散处于川东北者也。官捕之急，遂合于教。又襄阳白莲教亦多入川，皆战斗如素习。孙士毅已卒，新川督英善、成都将军勒礼善、陕西巡抚秦承恩，皆无敢掩之者。毕沅惟力请罢苗疆兵移剿。白莲教愈蔓延，所过则官军报捷蒙奖，实则白莲教本不坚留一地也。总兵大员，累有战死者。