皇太极为了彻底困死这支明朝的精锐部队，又下令，各旗在各自的防地环城挖沟。沟，深1丈，宽1丈。沟外，再筑1丈左右高的墙，墙上修筑垛口。在墙内，距墙5丈左右的地方，又挖一道深7尺5寸、宽5尺的沟，沟上铺上秫秸，上面盖上土。
皇太极的工作，就是在大凌河城南的山冈上，监视城内的变化。
后金军在城外的行动，祖大寿掌握得很清楚。大凌河城刚刚筑毕，城内各种防务措施并没有落实到位，军用物资贮备不足。皇太极选择与祖大寿打消耗战，就是抓住了大凌河城的命脉。
祖大寿认为，等后金军在城外挖好壕沟之后，大凌河城就真的变成一座孤城，里面的人出不去，外面的人进不来。时间拖得越久，城内士兵的战斗力就越弱，连吃饭都会成为无法解决的问题。皇太极不费一枪一弹，就会把这支能征惯战的军队活活困死。
明军最好的选择，也是唯一的选择，就是在后金军修好防御工事之前冲出去，回到锦州。
于是，祖大寿选择离锦州最近的南城突围，与莽古尔泰率领的正蓝旗士兵，展开殊死搏斗。
皇太极已经下了死令，明军在谁的阵地突围，谁就要为此付出高昂的代价；明军为了求生，也是死战。两支都输不起的军队，在大凌河城南，杀得尸积如山，血流成河。
祖大寿多次组织士兵突围，均未成功，不得不退回城内。正蓝旗为了达到不放走一人的作战要求，也付出了极大的伤亡代价，减员严重。
8月12日，明军又从南城突围。两蓝旗将士拼死截杀，把明军赶回城去。
两蓝旗将士杀得兴起，直冲城下。没想到，城上炮火齐发，打得因胜利而得意忘形的两蓝旗军措手不及。尤其正蓝旗兵，伤亡更重。
莽古尔泰受不了了。后金与明政府开战，兵围大凌河城，乃八旗共同之事，现在却成了正蓝旗与明军单独作战了。正蓝旗的将士，死的死，伤的伤，而其他旗人毫发未损，这也太不公平了。