到了万历年间，曾经一度辉煌的黄册制度已是病入膏肓。
地方上豪强官吏肆虐，根本收不上来册籍；就算收上来，也来不及解送；就算解送到了，内容也不合格；就算内容合格，也会因为驳查想敛财而被强行退回；就算不退回，顺利入库，几年以后不是被水泡烂就是被老鼠虫子咬完。
就算一切都很幸运，侥幸逃过天灾，也没什么用。如前情所述，那种风气下攒造出来黄册，通篇充斥着埋没、飞走、诡寄、影射、挪移等奸弊，早已无法反应基层的真实情况。万历三大贤之一的吕坤，直言不讳地指出：“十年册籍，半不相同，沿旧稽新，漫无可考。”
比如隆庆年间，福建省福宁州的户口数比起洪武年减少了三分之二，人口减少了五分之三。江南重镇应天府更夸张，嘉靖末年的户口数只有正德年间的一半，到了万历一朝，则只有正德年间的五分之一。
注意，这只是黄册账面上的数据。
实际上这些地区一无战乱、二无天灾，人口一直在增长，只不过当地大户通过包荫、冒合、逃户、隐匿、篡改等手段，把增长数给藏起来了。再加上大明对民众的禁锢太严，极度追求稳定，物极必反，导致了逃户的盛行。
正所谓“民不胜弊，破资鬻产，逃亡相踵”。这些放弃户籍的老百姓成群结队地离开原籍，四处游**，形成明中后期蔚为壮观的流民大潮。
比如在江南有一种令人称奇的生活，叫作“船居浮**”。老百姓从原籍逃出之后，全家就住在船上，常年在江南纵横交错的河流上漂**。地方官府根本没法管理，更谈不上造册交税了。
其实地方官衙早就不把黄册当回事了，他们自己搞了一套户籍，叫作实征文册，也叫白册，里面记录了当地人口、土地的真实——相对真实——情况，以方便管理，但是从不上报。《户口总论》里谈及此事：“所谓黄册，只取应虚文，非其实矣。有司征税编徭，自为一册，曰白册。”