1859年9月16日（咸丰九年），袁世凯生于河南省项城市王明口镇袁寨一个世代官宦的大家族。父祖多为清朝显贵，权重一方。
1876年（光绪二年）、1879年（光绪五年），袁世凯两次乡试都未考中，遂决计弃文就武。
1881年（光绪七年），袁世凯至山东登州，投靠保庆的结拜兄弟吴长庆，任“庆军”营务处会办。
1882年（光绪八年），朝鲜发生壬午军乱，当年23岁的袁世凯跟随吴长庆的部队东渡朝鲜，以“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”身份驻藩属国朝鲜，协助朝鲜训练新军并控制税务。因整顿军纪和镇压兵变有功，为朝鲜国王所看重，并得清政府奖叙五品同知衔。
1884年（光绪十年），金玉均等“开化党”人士发动甲申政变，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室；国王李熙奔赴清营求助，袁世凯指挥清军击退日军，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。由直隶总督兼北洋大臣李鸿章奏举，袁世凯任驻汉城清军“总理营务处，会办朝鲜防务”。
1894年（光绪二十年），甲午战争爆发，清军海陆皆败，袁世凯随军撤退到天津。
1895年（光绪二十一年），袁世凯由军务处大臣荣禄等奏派扩练驻天津小站的定武军，更名为“新建陆军”。聘德国军官十余人担任教习，又从天津武备学堂中挑选百余名学生任各级军官，以加强对全军的控制。这些人以后大都成为清末民初的军政要人。小站练兵是中国新式军队发展的转折点，也奠定了袁世凯一生事业。
1898年（光绪二十四年），据传袁世凯将围园杀后的消息告诉忠于慈禧太后的荣禄，结果戊戌变法失败，皇帝失去政权并遭软禁。6月，袁世凯升任工部右侍郎。
1899年（光绪二十五年）冬，因义和团在山东的排外行为引起各国不满，清廷被迫撤换纵容拳民的山东巡抚毓贤，代之以袁世凯。这是袁世凯首次出任地方大员。袁到任后，对拳民加以驱散，令其在山东无法立足，逃往天津、北京一带，山东在袁世凯治下维持了稳定局面。