一、《易经》本为十二篇，郑、王合彖辞于经，已非本来面目，朱氏分而出之，是他的功。他取陈抟的《河图》、《洛书》并入《易经》——《河图》、《洛书》由陈抟传至邵康节，再传至朱文公，他就列入《易经》。有清王懋竑为朱文公强辩，谓《河图》、《洛书》非朱文公所列，那就太无谓了。因为朱文公对于道士炼丹之术，很有些相信。他曾替《参同契》（汉时道家书）作注释，在书上署名“空同道士邹炘”，“邹”、“朱”双声，“炘”、“熹”通训，他的本名已隐在里面了。这是他的过。分《易》是还原，为功很小；增《河图》《洛书》是益迷信，过很大。可以说是功不掩过。
二、朱文公从文章上，怀疑《伪古文尚书》开后人考据的端续，是他的功劳；他怀疑《书序》（今文所无古文所有）也是伪托，他的弟子蔡沈作集传，就不信《书序》，是他的过。这可说是功过相当。
三、古人作诗托男女以寓君臣，《离骚》以美人香草比拟，也同此意。朱文公对于《诗序》（唐时《本事诗》相类）解诗指为国事而作，很不满意，他迳以为是男女酬答之诗，这是不可掩的过。当时陈傅良反对朱文公，有“城阙为偷期之所，彤管为行**之具”等语（不见于今《诗传》，想已删去）。清人亦有指斥朱文公释《丘中有麻》诗为女人含妒意为不通者。
与朱文公同时有吕东莱，治毛诗很精当，却不为时人所重。元代，朱子学说大行，明代更甚。在这二代中，经学无足观，士子受拘束也达极点，就激成清代的大反动。
清初，毛奇龄（号西河）首出反对朱子的主张。毛为文人，于经没彻底的研究，学说颇近王阳明。他驳斥朱子的地方固精当，他自己的主张，和朱子一般荒谬。朱子注《四子书》，也有援引原注的，毛也一并指斥无余了。继起为胡渭（朏明），他精研地理，讲《禹贡》甚精当，对于《河图》、《洛书》有重大的抨击。在那时双方各无所根据，凭主观立论，都不能立在不败之地，汉学便应运而起。