但是，历史表明，弗洛伊德的这一转业，其后果远远未被其本人及其老师所料到。除了经济收入上有了明显的改善之外，主要是走上了一条把所学得的基础理论与临床实践结合起来的正确道路，为他后来创建精神分析学打下了不可缺少的基础。
维也纳综合医院是世界上第一流的医院和研究中心之一。这里的教授也跻身于奥匈帝国最受尊敬的名人之列，各实验成果也给医院带来显赫的名声。综合医院位于十几座四边形大楼，共有20个科、14个研究室和门诊部，医生们有一个阅览室，病人有一个图书馆，全院共有2000张病床，每年接纳25000名病人。
从1882年至1885年，在维也纳综合医院工作期间，弗洛伊德先后担任外科、内科、精神科、皮肤科、耳鼻咽喉科、神经科、眼科和小儿科等8个科的医师。
1882年7月31日，弗洛伊德正式到维也纳综合医院工作。首先任外科临床助手（Aspirant）。每天在病房工作时间是早上8至10时，下午4至6时，晚上22时至半夜自己看书。病人临床报告必须记得十分详细。他没有资格主刀，只是做些助手工作，如清洗伤口、上钳子、缠缠绷带等等。在两个多月的时间里，弗洛伊德参加了外科主任比罗特（Billroth）教授关于十二指肠、胃、唇裂、**瘤等方面的手术，并聆听了多次比罗特教授的讲课。比罗特认为，“失败应当承认，要立即公开承认，决不能掩饰我们的错误。了解一个失败的病例比了解十几个手术的成功还要重要。”对这一点，弗洛伊德的感受颇深，作为一个好医生，不仅要有良好的医术，更要有高尚的医德。他还发现，比罗特爱好音乐，德国著名钢琴家、作曲家勃拉姆斯（Johannes Brahms，1833~1897）是他的亲密朋友，并且勃拉姆斯的许多作品首先是他在比罗特家里亲自弹奏的。可以说，“比罗特与布吕克教授很相似：一半是科学家，一半是艺术家”。