福建、两广平定后，南部除四川、云南以外，都已统一，打成一片。大后方的人力和财力供给北伐军以无限的助力北伐军在出发前，元璋和刘基等筹定了作战的计划后，又和诸将缜密研究。常遇春提出意见，以为南方已定，兵力有余，如直捣元都，以我百战之师，敌彼久逸之卒，其可必胜。都城既克，乘胜长驱，以建瓴之势，余地可不战而下。元璋的作战计划恰好相反，他指出直攻大都的危险性，以为元建都近百年，城守必固，如悬师深入，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进退不可，非我之利。不如先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其户槛，天下形势入我掌握。而后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。然后鼓行而西，云中、九原以及关、陇，可席卷而下。常遇春还是抱持着前次直攻平江的见解，以为巢穴根本一下，支干自然迎刃而解。他却没顾虑到孤军深入，后方的交通线如何保持，万一被敌人截断，兵员和粮食的补充便陷绝境。奇兵突击，固然可以侥幸取胜，却非万全之计。元璋的计划却是稳扎稳打，立于不败之地，步步扩大，占领地和后方连成一体。诸将都同声说好。
北伐军的统帅机构，也经严密组织。在平陈友谅以前，诸将都直属元璋，不相统率。九华山之役，常遇春坑杀汉降卒，徐达不能止，始以达为大将，尽护诸将。至是以达持重有纪律，战胜攻取，得为将之体，以为征虏大将军，统率全军。常遇春当百万之众，勇敢先登，摧锋陷阵，所向披靡，以为副将军。又担心遇春健斗轻敌，复谆谆告诫，如遇大敌当前，以遇春领前锋，和参将冯胜分左右翼各将精锐进击。右丞薛显、参政傅友德勇冠诸军，使独当一面。达则专主中军，策励群帅，运筹决胜，不可轻动。又复申严纪律，告谕将士，以这一次北伐，目的不在攻城略地，而在平削祸乱，解救生民疾苦，凡遇敌则战，所经地方和攻破城邑，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女，如有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求，即时付还。