可是事情到此并未彻底结束。前面说过，武则天要巩固皇后的位置，必须对外廷重新进行优化组合。把反对她的人清除出去，把拥护她的人请进来。而在打击反对派这个问题上，她是分两步走的。第一步，清除反对派中势力相对小的褚遂良、韩瑗、来济，把他们贬往地方。第二步，在外围组织已经被清理之后，再清除反对派的核心力量长孙无忌。这样做是为了慎重起见，避免一下子打击面过大，造成政局不稳。换句话说，就是让反对派心存幻想，逐步丧失斗志，最后坐以待毙。现在，长孙无忌已经倒台，唐高宗和武则天再没什么顾忌了。他们终于可以施展手脚，把反对派一网打尽。
于是，长孙无忌谋反案的基调刚刚确定，许敬宗又奏：
“无忌谋逆，由褚遂良、柳奭、韩瑗构扇而成；奭仍潜通宫掖，谋行鸩毒，于志宁亦党附无忌。”
这样一来，所有当年未曾追随武则天的元老重臣无一漏网，连一言不发、唯恐惹祸上身的于志宁也未能幸免。至此，这些人全部被免去了所有官爵。
这还不够。三个月之后，唐高宗下令让李勣、许敬宗等宰相进一步追查长孙无忌谋反案。许敬宗接旨后，派中书舍人袁公瑜到黔州去录长孙无忌的口供。袁公瑜可是当初第一批拥护武则天当皇后的人，裴行俭和长孙无忌议论武昭仪就是他告的密。当时他还仅仅是一个大理丞，八品官，现在他已经做到五品的中书舍人了。那么，袁公瑜是怎样录口供的呢？其实他根本不需要录，他直接对长孙无忌说，你还是自我了断吧，省得我再费一把力气。长孙无忌见大势已去，长叹一声，就地自杀了。
随后，唐高宗又下诏将王皇后的舅舅柳奭和韩瑗斩首。古人云：覆巢之下，焉有完卵！随着这批老臣的死去，他们的家族也遭受了灭顶之灾。成年的儿子都被处死，其他近亲皆流放岭南为奴婢，远亲受株连贬官的就更多了。长孙无忌的两个儿子长孙冲和长孙诠，都是驸马；一个尚长乐公主，一个尚新城公主，两个公主都是唐太宗与长孙皇后的女儿。他们此时即使贵为驸马也未能幸免于难，被一同杖杀。长孙无忌谋反既然是由前太子李忠被废引起的，梁王李忠也就顺带着被牵连进来。显庆四年（659年）七月，李忠被废为庶人，安置在黔州废太子李承乾的故宅里。