节四一心一意，想去延安工作这话说到了蒋介石的心窝里去了。蒋介石想，是啊，李宗仁既然怀疑何基沣通共，为什么不就地处置？川军师长他一句话就开革了，问过我吗？为何把何基沣送给我？！蒋介石“哼”了一声后说：“当年孙权杀关公，把首级献给曹操，是想把祸水泼到曹操身上去。李宗仁跟我玩这个！”
何应钦听出了蒋介石的话音，立马说，“我们马上拿结论！”
两天后，何应钦就把何基沣的结论拿出来了，八个字：“任劳有余，任怨不足。”
差点儿断了头的何基沣，从重庆回到自己的一七九师又投入到了抗战之中，1940年10月，在南漳肖堰，何基沣亲率过家芳的五三七团主动出击日军，歼灭日军数百人。1941年2月13日，何基沣率一七九师在茅坪场，与新四军并肩阻击日军，当场击毙日军十八旅团长横山少将。
1943年7月，冯治安升任第六战区副司令官兼三十三集团军总司令，不再兼任国民党军第七十七军军长；何基沣升任第七十七军军长。
抗日战争以日本无条件投降宣告胜利结束。然而，在中国的土地上，战争并没有就此停熄的意思，蒋介石发动了内战。真是搬起石头砸自己的脚，蒋介石在人民解放军面前节节败退，最终将西北军调到徐州，充当马前卒。自然，何基沣指挥的国民党军第七十七军也被调到徐州。在徐州云龙山，何基沣与郝鹏举、刘振三等一起密商筹组西北军大同盟。
就在这时，冯治安找何基沣谈话。一见面，冯治安递给何基沣一份电报，上面写道：“第七十七军军长何基沣升任第三绥靖区副司令官，遗缺由第一三二师师长王长海升任。”
何基沣看了电报，心中一沉，自己好不容易整顿起来的七十七军就交给了他人，但表面上还是装得若无其事的样子，说：“好得很！我这些年身体也不好，胃病老犯，几次向总座请假，希望能休息休息，治治病，今天终于有这个机会了！”