永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
都察院
明代初年，沿元旧制，设御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罢御史台。十五年改置都察院。这个机构为明代所创设的，与前代御史台之制不甚相同。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史amp;#8226；职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史amp;#8226；职官志二》所载：