虽然徐光启等官员由于其本人就是思想较为开放者，因而没有对朱由校在工部的一系列言行和举动提出反对，甚至有的还顶礼膜拜。
但在朝堂中，却并没有因此而让百官所理解。
朱由校在工部的行为最终还是让这些官员们知道，而且，所引起的震动不亚于他处置东林党和晋商时的情景。
而其中，最不令士大夫所接受的就是，他将文官们才有的专属清贵官职竟然就这样轻易的授予给了工匠和一个西洋人。
非进士不入翰林，非翰林不入内阁，在文人士子眼里，翰林乃极尊贵的职位。
但朱由校把翰林院检讨授予给汤若望，并让几个发明燧发枪的工匠成了翰林文官专用的承直郎和承务郎。
在文官们看来，这无疑是在践踏文官的官职体系，破坏儒家对学术的垄断权威。
某御史甚至率先发动了对徐光启的弹劾，他们自然不敢对朱由校提出直接批评，于是徐光启就成了替罪羊。
不过，朱由校并没有管这些御史对徐光启的弹劾，所有的折子依旧是留中不发。
好在朱由校考虑到传统地主士绅阶层过于庞大，而且自己现在已与商人阶层为敌，不能立即与这些地主士绅翻脸，因而他也不敢大。跃。进式的就推翻绝对的儒家体系。
因而，他也没有惩罚那御史，相反，还升他为太常寺卿。
除此之外，因东林一案，朝中大多数官职已经空出缺额，并为了笼络士子之心，朱由校也让新任的礼部右侍郎钱谦益着手准备来年的大比之年，并明告天下，因多灾多难之际，故亟需有志之士报效国家，故此次会试开科比往年多取一倍，并令各省乡试日后也应加宽名额限制，不能低于户籍总数的五万分之一。
朱由校此举顿时在士林阶层引起轩然大波，特别是止步于举人秀才的中下层士子更是对朱由校的举动感恩戴德。