在大明各地水利建设如火如荼进行的同时，遵照朱由检的指示，各府州县城市治理也在全面展开。
朱由检对后世每逢雨季时，很多城市就会出现不同程度内涝的情景印象深刻，对于因连续强降雨而导致城市居民人身和财产受到巨大损失也是痛心不已，现在这个世界既然自己手中握有掌控天下的权利，那就应该对此作出力所能及的改变。
虽然他对如何防止城市内涝一窍不通，但这并不妨碍他能拿出相应的对策来。
于是，在崇祯二十年时，内阁根据他的授意行文天下，要求各地官府上报所在地有效防范内涝的规划和措施，朝廷会优中选优，根据各方上报的方案进行汇总，并形成最终的解决办法。
在内阁行文发出后的半年内，各地官府陆陆续续五花八门的方案和措施报到京师，孙传庭等内阁成员召集工部堂官及有司专业人士，在经过悉心筛选和商讨后，挑出数套方案后入宫呈送至御前，供朱由检御览定夺。
君臣在昭仁殿专门就此事进行了会商。
内阁形成的文案中，首先将发生内涝的原因一一列举了出来，其原因大致为以下几点。
第一，经常发生内涝的城市都是建在低洼地以及滞洪区，因为地势太低的缘故，每逢当地暴雨不断，洪水向地处流动，所以城市很容易便会被淹。
而与之相反的是，地势比较高的地区不容易形成积水。
例如苏州、无锡等老城虽然是水乡城市，但是因为老城都选择地势比较高的地区，所以不怎么容易形成积水。
其次，排水系统不完善，排水石槽、干沟、排水洞修建的太少，或者因缺少专业定期维护的原因而导致其发生堵塞淤积，导致积水无法迅速排出。
再次，城市中植被稀疏、水塘较少或根本没有，无法储存大量雨水，从而因“汇水”的现象形成大面积积水。