因为风暴偏离了航线，使得郑森大军没有直达马尼拉湾，这也就失去了攻打的突然性，使得攻打马尼拉城困难了许多。
西班牙人在吕宋总人数也就不到两千，其中还有一半是家属。不到一千的军队控制着这么大的岛屿，自然非常的吃力。
不过吕宋的土著大都被西班牙人杀怕了，早已没了反抗的勇气，有马尼拉城堡和炮台在，荷兰人、英吉利人也不敢打马尼拉的主意。
所以，在西班牙人眼里，并没有能威胁到他们再在吕宋的存在的势力。唯一有威胁的恐怕就是越来越多的明人移民，不过西班牙统治者一直在压制明人，并挑拨本地土著和明人之间的关系，玩弄平衡玩的非常溜。
当郑森带军抵达吕宋岛时，西班牙人大都分散在马尼拉四周的广阔空间，忙着收集香料以及向土著部落收税。闻听有明军船队到来匆匆集结军队，退守在马尼拉城。不过集结的军队总数也就五六百人而已。
然而就这点人马，也给郑森带来了沉重打击。
两万多军队登陆马尼拉，面对的不过是数百西班牙军，不管是郑森还是郑军诸将，都认为打下马尼拉城并无问题。
登陆的第三日，在郑森的命令下，周全斌等将带着五千军队开始向马尼拉城展开进攻，士兵们抬着匆匆扎就的攻城竹梯，向着马尼拉城冲去。然而等待他们的先是猛烈的火炮，然后是犀利的火铳。
在马尼拉城堡外有西班牙人的炮台，用以控制附近海湾，协助守城。正是这炮台逼得郑军船队不得不在远离马尼拉城十里的海岸下锚停泊。而现在又给攻城的郑军带来了极大的打击。
沉重的弹丸呼啸而来，落在行军的郑军队列中，被砸在擦着碰着均是骨断筋折。虽然造成的伤亡不算很大，但对士气的打击却是很大。哪怕再坚固的盾牌，在巨炮面前也是白搭。