朝廷对地方掌控力度减弱，这种弱化的结果会体现在方方面面。
放在佛教和道教头上，结果就是僧人和道士的数量增多，寺庙道观不交税的土地越来越多，一些大的寺庙道观甚至拥有上万亩土地，危害不小于地方上的士绅豪强。
这样的行为蔚然成风，这直接导致交税的人越来越少。
明朝寺院和道观的财产虽没有前朝那么多，但是数量也相当可观。
了解到这样的事实之后，萧如薰非常反感这种现象，下决心要狠狠出拳整治他们。
萧秦政权上台执政之后，隆武元年二月，萧如薰直接把象征明皇室宗教色彩的万寿宫变成了太上皇的居住地，将紫禁城内一切带有宗教性质的东西全部赶出去了，并且定下规矩，不允许北京城内有宗教建筑。
隆武元年三月，萧如薰发布了宗教政策。
他再次明确了道士与和尚出家需要朝廷给度牒才能被认同，而有权发放度牒的只有在京师内的户部宗教管理司，地方上没有权力发布度牒，度牒是三年一给，有上限。
私度完全禁止，一旦发现，立刻将私度之人和进行私度之僧侣道士及其所属寺院道观一并取缔，全部发配做苦力。
并且萧如薰还派人在全国范围内普查道观私产和寺院私产，一并登记造册，还对各地道观和寺院的年份进行统计，对道观主人和寺院方丈的身份和学识水平进行考核。
以后三年一次，绝对不允许停止。
一系列的行动之后，隆武二年朝廷关闭道观三十六座，寺院二十七座，隆武三年关闭道观十六座，寺院四十八座，隆武四年关闭道观二十一座，寺院十六座，隆武五年接着关闭道观十七座，寺院二十九座。
理由都非常明确。
朝廷发放度牒之前，派专人到各地寺院和道观里考察寺院里的和尚还有道观里的道士对于佛经的理解和道经的理解，看看学术水平怎么样，看看到底是不是真的一心向佛或者一心向道，是不是真的出家人。