蒙时雍的率众投降并不代表着吴军和太平军的南京大战画上句号，为了彻底消灭南京城里和城外的敌人，吴军又足足用了两天多的时间清剿城内残敌，抓捕隐藏在民间的太平军将士，追杀逃进北面紫金山区的太平军官兵——也顺便收缴太平军十余年来在江南各地搜刮来的金银珍宝，古董文物，没收太平天国各大头目聚敛贪污而来的民脂民膏，黑吃黑吃得不亦乐乎。
一部分太平军将士的顽固表现让吴超越和吴军将士都十分意外，在洪秀全已死、李秀成被俘和蒙时雍已经主动投降的情况下，一部分的太平军将士不但依然拒绝放下武器投降，坚持依托街巷房屋与吴军血战到底，还有人直接喊出了‘不留半片破布给妖兵享用’的口号，宁可一把火烧烧掉他们所保护的财产物资，也不愿让吴军将士的贪欲得逞。期间江浙太平军的重将吉庆元战死，李秀成的干儿子李容发则是不知所踪，不知道是死在了随处可见的火海之中，还是藏身进了民间。
许多的吴军将士因此倒在完全胜利前的最后一刻，许多的太平军将士在被重重包围后先是打光子弹，然后纵火自焚而死，而这其中既有被邪教洗脑最严重的南京太平军，也有加入太平天国时间不是很长的江浙太平军。而更加让人难以思议的是，在吴军已经一再承诺不少俘虏的情况下，短短的两天多时间里，吴军战俘营中竟然先后发生了三起千人规模的战俘暴动，小规模的**逃亡更是多达二十余次，逼得吴军将士只能是痛下杀手，残酷屠杀了近两千名已经放下武器投降的太平军士卒。
考虑到将来光复东南的战事很可能要以怀柔为主，吴超越也十分重视这些情况，花了相当不少的力气调查太平军为什么这么顽固的原因，还有太平军战俘为什么会在放下武器后再次作乱的原因。结果调查出来的结果让吴超越感觉棘手，原因一是太平军的确被邪教洗脑十分严重，相信为太平天国战死后可以上到天堂；二是各种各样的国仇家恨，许多太平军将士想为战死遇害的亲人报仇，所以坚持要和吴军血战到底。