当浙江清军集中了几乎全部的机动兵力围攻舟山之时，福建的郑成功率部杀入位于厦门以西的漳州府。
永历五年五月二十五，郑成功率军进入了漳州府海澄县的磁灶，第二日，清军漳州总兵王邦俊率一千骑兵、两千步兵抵达磁灶附近，与明军对峙。郑成功料定清军必然骄纵轻敌，是故决定在磁灶伏击清军。
清军不疑有诈，全师攻入磁灶社内，为郑成功团团包围。虽然清军凭借着骑兵的优势奋力突围，但是郑成功也拿出了他早已准备好的杀手锏——藤甲兵。
郑成功军中的藤甲兵以三人为一组，一人执藤牌掩护，一人砍马，一人砍人。在明军猛烈的攻击之下，清军溃不成军，王邦俊率领败军落荒而逃，明军取得了磁灶之战的胜利。
永历五年，郑成功在取得磁灶大捷之后，于七月剿灭了投靠清军的海盗陈春，并于九月挥师漳州。面对郑成功大兵压境，福建清军派副将陈尚智率军驰援漳州，会合王邦俊所部与明军在钱山一带对峙。
九月二十五，清军率先发动进攻，明军以戎旗镇王秀奇、援剿左镇林胜并苏茂等一举歼灭了清军前锋，随后亲丁镇、前冲镇、援剿右镇各部杀出。清军横尸遍野，王邦俊、陈尚智狼狈逃窜，逃回漳州城，是为钱山大捷。
永历五年十一月，随着郑成功在漳州连战连捷，福建清军被迫派遣福建提督杨名高率数千骑兵与步兵南下，增援漳州清军。由于清军南援漳州，必定要经过泉州，于是郑成功准备在泉州地界阻截清军。
郑成功率领所部渡过海峡，在小盈岭一带安营驻扎。杨名高令清军兵分三路，向小盈岭发起进攻，同时派一支清军由鸿渐山迂回到郑军后侧，企图合围明军。
郑成功亲自指挥明军奋勇杀敌，清军力战不敌，溃不成军，杨名高更是纵马而逃。负责包抄的那路清军，一开始进展顺利，明军中冲镇、游兵营皆不能敌，赖奇兵镇奋力厮杀，勉强稳住阵线。后甘辉率领亲丁镇赶到，与各镇奋力厮杀，清军全线溃败。明军合兵一处，追击至马厝巷而回，史称小盈岭大捷。