6月9日，黄兴紧急从广州赶至汕头，同孙道仁密议。
黄兴虽然在补给问题上选择了退让，但是不代表他在福建归属问题上让步。
黄兴此行目的为组建福建军政府，推选孙道仁为都督。都督府在汕头成立，10日举行都督就职典礼。黄兴代表同盟会授予孙道仁都督印信，文为“中华军政府闽都督之印”。孙道仁接印，宣誓就职。
同时，黄兴令孙道仁将全镇新军弹药集中至骑兵第十标，立即回师福州夺取福建总督府，完成对福建的控制。
孙道仁接受黄兴的建议，毕竟他现在已经是名义上的福建都督了，师出有名。
第十镇步兵三十七至四十标新军的弹药和口粮全部收缴，发放给骑兵第十标。这样骑兵第十标便有了4个基数的弹药和口粮，可以迅速回师福州。
下午第十标火速从汕头出发开赴福州。
但是黄兴想出这招时已经晚了，当孙道仁率第十标骑兵抵达福州时，粤军已经占领了福州。
早在龙啸卿收降清廷海军时，他已经做出利用萨镇冰的海军掩护粤军海军陆战队突袭福州的作战部署了。
8日，龙啸卿发出密令：教导总队王远云为攻闽前敌总指挥，萨镇冰、陈博谦为舰队和陆战队指挥，于当晚返回福州马尾军港。
此时，驻扎在马尾军港的福建水师还不知道萨镇冰等已经易帜投靠广东军政府。萨镇冰谎称已经全歼广东海军，请福建水师和马尾基地炮台将领们喝酒庆功，将他们尽数诓骗至军舰上扣押。
萨镇冰等闽系海军将领们开始分别劝降他们，经过一个多小时的劝说诱降，大部分福建水师将领和炮台守卫接受了投降条件。小部分人反对但是已经左右不了大局了。
投降的福建水师将领们命令各自军舰上的部下们易帜反正加入革命，而投降的炮台守将们则掩护粤军海军陆战队进入马尾军港各个炮台，轻易夺取了炮台控制权。