朝廷用人失当，王化贞和袁应泰一样，直接葬送了辽东的大好局面。
后金占领广宁，并接连占领明军放弃的义州、平阳桥、西兴堡、锦州、铁场、大凌河、锦安、右屯卫、团山、镇宁、镇远、镇安、镇静、镇边、大清堡、大康堡、镇武堡、壮镇堡、闾阳驿、十三山驿、小凌河、松山、杏山、牵马岭、戚家堡、正安、锦昌、中安、镇彝、大静、大宁、大平、大安、大定、大茂、大胜、大镇、大福、大兴、盘山驿、鄂拓堡、白土厂、塔山堡、中安堡、双台堡等40余座城堡。
努尔哈赤下令把辽河以西的人民，驱赶到辽河以东。
归朝后，此事成为党争的一个大题目。
不过东林党内部也不是什么难决断的事情，那就是保住王化贞，毕竟王化贞是自己人，而且他还是叶向高的弟子。这样的君子稍有疏失，那也是可以原谅的。
那么这个黑锅谁来背呢？当然是辽东的最高军事长官辽东经略熊廷弼了。
当然了，东林党也有人反对。因为也有人嫌弃王化贞了，这些人就是东林党的以韩爌为首的实干派。
就在东林内部为了“保熊斥熊”还自相内讧的时候，王化贞已经意识到东林党大厦将倾，就果断抛弃了还在为自己“重列朝班”而奔走辩护（顺便参与陷害熊廷弼）的“东林君子”们，转身投奔魏忠贤。
魏忠贤趁机利用王化贞，揭露东林党“贪污辽东军饷”，一举击溃了东林党的残余力量。
天启五年八月，熊廷弼以“失陷广宁罪”慷慨赴市，传首九边，魏忠贤虽对王化贞百般袒护，但罪行确凿，王化贞缓刑至崇祯五年处死。
而后李如祯得以放出来，王化贞却被杀了。这是东林党的反击，王化贞死得不冤枉，但是熊廷弼却死得很冤枉。
整个事情里面，吃亏的只有熊廷弼，不仅被杀了，还被传首九边。