固始汗此时获悉西宁守军兵力薄弱，于是带领一万部众突击西宁，军至城下，成功包围了郭君镇。
但郭君镇镇定自若，组织百姓坚守城池，并亲自领兵夜袭敌营，大获成功。
不久米剌印率军赶到，顺军对西宁附近地区的和硕特军展开了猛烈的攻击，同时开始了招降活动。在大顺军的攻击下，固始汗占据的据点和寺院逐个丧失。
青海地区最重要的喇嘛教寺庙塔尔寺也被米剌印攻破，众多很有威望的大喇嘛被迫投降，结果被郭君镇下令一概处死，参加叛乱的喇嘛僧众也遭到严厉镇压。
在和硕特军节节败退、一部分参加叛乱的蒙古王公纷纷投降的情况下，固始汗于十二月将扣压的顺朝使者送还大顺军，并附疏上奏朝廷，为自己开脱罪责，请求议和。李来亨对此置之不理，下令大顺军平叛到底，必取固始汗首级方能回师。
顺军继续清除西宁附近的叛军，很快收复了镇海、申中、南川、西川、北川等地。固始汗被迫率领残部向西溃逃。当米剌印等率领三千顺军进攻郭隆寺时，遭到这里万余名喇嘛僧众的顽强抵抗，战斗异常激烈，可僧众没有正式军事训练，死亡惨重。
众多黄教喇嘛逃跑后被顺军俘获，押解入京，李来亨亲自下令，对其一律处以死罪，传首青海、西藏等地。
郭隆寺之战是平定青海和西藏之役中最激烈的战役，用郭君镇的话说：“自灭清以来未有如此大战者。”
固始汗在西宁附近战败后，率部退逃到离西宁千里之遥的柴达木河一带。在这种形势下，郭君镇提出于四月草青时，四路并进合攻青海的作战方案，而米剌印则提出乘春草未生，以精兵五千、马万匹，乘敌不备、远程奇袭的作战方案。
郭君镇将两种方案一并上报朝廷，李来亨最终采纳了米剌印的作战方案。这样，大顺军便分三路向柴达木进剿。