屯田促进了西域的农业开发，推动了民治机构的建立。西域东西七千余里，南北六千余里，周两万余里，大顺统一西域之后，户政府就提出移民开发的计划。
户政府方面主张迁移“甘肃等处无业贫民前赴营生耕作”，认为这样既有利于开发西域，又可以缓和内地人口矛盾，可以一举两利。
李来亨多次指示西北经略使周祚鼎和安西大都督李懋亨招募甘肃百姓到西域种地。
世祖朝中期，甘肃省连年受旱灾之苦，李来亨不能不考虑解决西北龙兴之地的穷困问题。
他注意到“边陲生计艰难，尤当急为筹画以裕久长”，使甘肃灾区人民改善困境。李来亨认为，西域统一以后，大兴屯田已成乐土，“商民辐辏，风景不殊内地”，但没有出现内地百姓踊跃前往的局面，是因为他们缺乏对西域开**况的具体了解，所以裹足不前。
他要求地方官员设法劝导甘肃百姓商户出嘉峪关种地，“将来关外生聚滋蕃，兼可酌添郡县，而此等待食之民向外多移一人，即少耗内地一日之粟，可使盖藏渐裕，化瘠为腴”。半年后，甘肃又遇大旱，到处都是流民，朝廷拨银二百万元、粮二十万石赈济灾民，并指示长安方面，令其设法劝谕流民赴西域种地，“使共知边外谋生之实利，自必熙攘趋赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊无依；即将来或遇欠收，而瘠土贫民，亦可免坐守困乏，实为筹备边氓生计之长策”。
甘肃百姓商户不断进入西域，为加强对他们的管理，朝廷又逐渐设立起民治机构，在巴里坤设镇西府，乌鲁木齐设迪化州，其他地方分别设阜康、昌吉、绥来、宜禾、奇台等县。这些州县机构都设在北疆，是屯田制的进一步发展。
尽管李来亨把西域屯田视为造福于子孙后代之举，但此举并非是朝廷全体成员的共识，朝野内外分歧较大。