提到开府，后世人第一反应就是日本的幕府，实际上幕府最早出现在中国，早在汉朝时期，三公和大将军就有开府的资格，而且这种制度一直延续到明初，在靖难之役后，开府才流于形势，成为了历史。
如今以朱怡成现在敏感的身份，重拾开府的确是个好办法，但对于开府后各官职的设置朱怡成花了不少心思，同时也找来些典籍研究了一番。
经过一番推敲，朱怡成的大都督府将设置文武各职，从具体职能划分建立起六科，这六科分别为吏、户、礼、兵、刑、工六科，以对应朝堂的六部，各科分工明确：吏科掌官吏任用、考核及调动：户科掌粮银、民政、财政；礼科掌礼仪、庆典、考试、祭祀诸事；兵科负责地方兵差渚事；工科掌水利、起盖城池、衙门、仓库等事。
各科主官称为大使，副职为副使。除去六科外，并设置军中指挥使、同知、佥事、镇抚、千户、副千户、百户、试百户、总旗、小旗等武职，以对应义军中各级将领等级。除此之外，还设置左右长史、主簿、参军等幕府直属官职，以对六科和各级军职进行制约，同时也担任大都督的参谋团和秘书处工作。
这些官职的设置不仅参考了明朝时期王府的编制，更把明制锦衣亲军的军职进行照搬，同时还加入了历朝代各开府的结构，然后再糅合在一起。从目前来看，这样的设置基本已能满足需求，说起来只是换个名义罢了，但至少对外宣传上来看不像袁奇当日所做的那么引人注目。
官职设定，那接下来就是封赏各人，可惜朱怡成手中可用的人太少，军职的封赏还好些，朱怡成以大都督身份兼领指挥使一职，同时由董大山领同知，并封了另一个从杭州之战就跟随自己的老人马功成也为同知，而下的各级官职也均有人担任，虽然远不足所设置的数量，但这么一来至少已能达到整顿的目的。