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以福建水师现在的实力，加上朝廷的全力支持，或许可以轻松收复台湾，但朱慈烺却担心，一旦收复台湾，有了台湾的滋养，郑芝龙这条怪兽，会越养越大。
郑芝龙1604年生人，今年刚四十八岁，身体健朗，看样子再活几十年也是没有问题的。想要熬死他，扶郑森上位，慢慢整顿福建水师是不可能的，朝廷必须有所干预。
随着松锦战事的胜利，收复辽东的毫无悬念，朱慈烺开始将郑芝龙和福建水师的问题，摆上了案头。
继陆军讲武堂之后，成立水军大学堂，系统的传授海军知识，教授海战，培养大明海军军官，已经是势在必行的事情，因此，朱慈烺决定，今年年底之前成立水军大学堂，并任命郑芝龙为首任祭酒（校长），擢一品，任中军都督府左都督，京师赏赐宅邸。
武将为祭酒，这可是大明从未有过的殊荣啊。
而福建水师提督的继任，则由郑芝龙之子，现旅顺水师提督郑森担任，也就是说，表面上福建水师依然还是在郑家的手中，郑芝龙担任祭酒，为朝廷一品，享受荣华，名利双收，儿子继续执掌福建水师，对郑芝龙本人来说，也算是一个相当良好的退休结局了。
为了给足郑芝龙的面子，朱慈烺没有直接下圣旨，而是令内阁行文，先征询郑芝龙本人的意见。
今日郑芝龙的回文来到。
郑芝龙拒绝了。
他说自己身体不好，才能不足，难当大任，婉言推辞了水师大学堂祭酒的任命。
“陛下，郑芝龙其心叵测，郑森又为旅顺水师提督，他父子二人，掌握了我大明一半以上的水师，一旦有变，在海上兴风作浪，朝廷将难以防备……”蒋德璟忧心忡忡。
不同于朱慈烺对郑森的信任，蒋德璟对郑森一直都是有怀疑的，他觉得，一个海盗的父亲，教不出忠义的儿子，如果说，陛下任命郑芝龙掌管福建水师，是不得不的选择，那么任命郑森为旅顺水师提督，付以重任，就值得商榷了。