而在“一体当差一体纳粮”等关系重大的政策，在天下顺利推广，各地怨言渐渐平息之后，原本一直被他故意打压的都察院，又重新被他重视，并逐渐放开了束缚。
都察院扩编，京师都察院的御史数量，从四五十人，一下扩展到了三百多人，都察院大堂，扩大了两倍多，一次可以容纳五六百人，御史的人选，不再是从新进进士和优秀县官中摘取，而是采用籍贯论，各省固定名额，以人口论定，如浙江十一人，山西九人，青海六人。
青海的六人，是为最少的必须保证，只要是省，那怕只有万人，也需有六个名额。
过去，御史基本都是进士出身，但现在改制之后，像青海省台湾省缅甸区，每年会试能考中进士的都是极个别，甚至是无有一人，因此，隆武帝决断，各省代表的御史，皆从各省乡试的举人之中擢取，如此，就不用担心御史空置的问题了。
过去，大明朝堂有南党，北党，浙党，楚党，以籍贯形成乡党，党同伐异，独领**，但改制之后，乡党公开透明，各省御史首先要为自己省份争取权益，但因为各省都有代表，没有谁是孤单一人，形成制衡，各方利益最后也都可以平衡。
如此，都察院对首辅和内阁的监督力道大大加强。
中央都察院如此，各省都察院也照着执行，监督行政、司法。
御史不但监督行政官员，也相互监督。
首辅制的改革，经过这些年，从蒋德璟，孙传庭到史可法，已经渐有成效，并且摸出了路子，加上都察院制、质询制，虽然还有一些弊端和很大的不足，但比起过去，已然是有很大的进步了。行政权和监察权，已经有了一定的制衡。
就时代的发展来说，这样的改革还是能跟的上的。
所以，对于眼下的朝政，隆武帝是不愁的，军事有军机处，外交有理藩院，只要抓住军机处兵部和吏部，他就可以掌控全局，专心培养接班人。