和当年万历为了拿回被文臣们侵蚀甚至掌控的人事、财政、军权，故意发起国本之争，想以此分裂群臣不同。朱由栋此时牢牢的掌握住所有权柄，根本不需要文臣内部激烈争斗。所以，在天启朝的国本之争刚刚出现个苗头的时候。他就当机立断，迅速的定下了太子人选。
天启二十五年（1643）五月十二日，皇帝正式颁下诏书，明确的封皇长子朱慈燚为皇太子，封皇次子朱慈焱为宋王，预定的封地为后世南美的巴西。封皇三子朱慈炎为定王，预定的封地为后世南美的阿根廷、巴拉圭、乌拉圭和智利。
当然，虽说三兄弟之间自此君臣名分已定。但一方面是此时南美粗定，大明还不能马上把两位亲王派到那边就国——如此显得吃相太难看，会让新生的印加王国以及南美广大的印第安人心生反感。所以，朱慈焱两兄弟仍然留在了北京。而另一方面嘛，每个人的心理都不是那么容易掌控的，朱由栋也从未想过光凭自己一句话就能让所有大臣全心全意的支持朱慈燚。所以，这下面的明争暗斗，未必就会完全消停。
不过呢，不管怎么说，这皇子之间的名分是定下了。谁要是再敢明目张胆的扑腾，那皇帝收拾起人来肯定不会手软。再说了，现如今大明的宗室政策已经完全不同于以前，争夺储位失败的，不会再去自己的封地上当一头猪被圈养，而是仍然不失为一国之君——在这样的情况下，便是当事人自己，也很难提起破釜沉舟、铤而走险的勇气吧。
总之就是这样了，朱由栋虽然立了太子，但只要后面两个皇子没有就国，或者说太子没有继位，争斗都是会存在的。但好歹能够控制在一定范围，不会对国家造成太大危害。
在做完了这一切后，他把朱由校从天津港叫了回来：朕要出巡西北，慈燚刚刚受封太子，还需要学习，由校你替为兄再监国一次吧。朕保证，这是最后一次了。