“皇爷爷膝前：孙臣于二月初五抵南京，当日于神烈山上祭拜孝陵……次日登后湖入黄册库，所见所闻，触目惊心……呜呼！若不能痛加整顿，孙臣深恐不忍言之事，当在不远矣！孙臣身为朱家子孙，不敢为一己荣辱顾虑太多，当为太祖创立之基业，国祚之延绵鞠躬尽瘁死而后已！孙臣立志整顿黄册，牢固国家之根基。无论前方何等强敌，无论事中遭遇何等辱骂、污蔑、阴谋诡计及至暗杀、背叛……虽千万人吾往矣！”
在详尽的向万历报告了黄册库近乎崩溃的现状并且慷慨陈词的表明了自己的决心后，朱由栋笔锋一转，开始向万历分析到底要如何才能整顿好黄册，由此稳固国家根基。
千言万语汇成一句话：整顿黄册，动的是天下所有贪官污吏、豪绅恶霸，而且是动则牵全身。所以，在手里没有绝对的力量之前，万万不可整顿黄册。
总之，他朱由栋不怕死（黄册整不好他未来也一定不得好死），但是他也不愿意傻乎乎的就这么直接冲阵白死。所以，他在信的后段很直白的的告诉万历：我要弄一支军队出来，这支军队不需要你调拨给我（话说万历也做不到），我自己从无到有的慢慢建设出来。
总之，兵源我自己找，兵器火枪我自己造，士兵的薪俸我自己去挣。我要打造一支这个时代绝对听命与我并且战无不胜的强军！
“孙臣蒙皇爷爷厚爱，于襁褓之中册立为皇太孙。四岁开蒙，府中老师皆是各方俊杰。若孙臣真有心怀不轨，理当留于京师，故作伪善，于皇爷爷膝下承欢。若孙臣真为大逆不道之狂徒，又何苦如此冒险？静待数十年有何不可？然，国家根基已朽，万民被国蠹残害过多，孙臣不过至南京两三日，竟有摇摇欲坠之感。若不以壮士断腕之决心，下除疴猛药，数十年后，我等皆愧为太祖之子孙矣！孙臣一点赤子之心，伏祈皇爷爷明察！”