梁震率军进攻费尔干纳盆地的时候，大同军的主力，正在分兵进攻乌鲁木齐和巴里坤。
两处都是可以耕作的沃土，但此时全是游牧部落，元代修建的城池也早已废弃。
大同军杀到乌鲁木齐，当地的部落直接逃跑。
其中，库本诺雅特部，往西北逃去投奔准噶尔。噶勒丹多尔济部，往东北逃去投奔和硕特。
大同军也不追赶，直接把五千民夫安置于此，在元代仰吉八里城遗址上，重新建立一座新的城池。这里是攻打北疆的桥头堡，大同军劳师远征，短时间内无力再北上，控制乌鲁木齐地区是为将来打算。
另一支攻打巴里坤的大同军，同样没有遭遇什么抵抗。
当初从青海逃来的九兄弟，已经老死病死只剩四人。他们早就被大同军吓破胆，直接舍弃巴里坤盆地，朝着更北面躲避兵锋。
大同军同样不追，在巴里坤移民筑城，作为今后攻打北疆的桥头堡。
眼见大同军止步于两地，窝在和布克赛尔的噶尔丹行动了。巴里坤的和硕特部北迁，不可避免的跟北方同族争夺草场，和硕特部由此陷入内乱，噶尔丹当机立断率军进攻。
噶尔丹三战三捷，和硕特部被迫臣服。这厮统一北疆之后，居然宣称建立准噶尔汗国，公然无视南京朝廷的存在。
北疆还没有拿下，尹犁河谷也没有拿下，但钱粮和移民已经消耗得差不多。
江良一边申请调拨钱粮，一边申请追加五万移民。
阁部大臣收到消息，都觉得西域是个无底洞，几千万两银子扔进去就看到个水花——除了军费开销之外，还有移民和筑城太费钱。
朝廷债台高筑，欠着大同银行巨额贷款，那些银子很多来自于民间存储。
朱舜水告老还乡了，离开南京之前，在皇宫里私下劝谏道：“陛下，西域已经收复大半，剩下的可以徐缓图之。今日朝廷欠下的债务，数额之巨大，古往今来闻所未闻。不可……穷兵黩武！”