不过后来，于吉也没落得一个什么好下场。
据史书记载，于吉一直在南方传道，后来到了吴会（今江酥省酥州市），“设立精舍，烧香读道书，制作符水以治病，吴会人多事之。”
后来公元200年，也就是距今大概6年后。
小霸王孙策大会宾客于郡城门楼上，于吉却穿起华丽衣服，携一漆画的木箱子从楼下走过，诸将宾客中竟有三分之二的人下楼去迎拜他。
孙策当时就怒了，命人将于吉抓了起来。
结果信奉他的人都使妇女入见孙策的母亲求情，就连孙策的母亲也替于吉说好话。
不料这么一来反倒被更加激怒了孙策，认为“此子妖妄，能幻惑众心，远使诸将不复相顾君臣之礼，尽委策下楼拜之，不可不除也。”，
又直接命人把于吉给杀了。
不过在这之后发生的事反而更加玄乎。
据说于吉死后，有人认为他罪不至死可怜他，便将他的尸首藏了起来，结果第二天起来竟发现尸体消失的无影无踪。
同年几个月后，孙策便被人刺杀身亡……
有人说这其实是于吉索了孙策的命。
孙策杀掉于吉之后，每每一个人的时候，就能看于吉站在身边怨恨相望，故而总是吓得失魂落魄，这便是于吉在向他索命！
所以于吉这个人，还是有那么点神叨的，只是具体有多神叨，就不得而知了。
“公子此言差矣。”
见吴良听过他的名字，于吉的眼睛顿时明亮一些，捋着几乎及腰的胡须微微摇头笑道，“那书并非《太平经》，而是叫做《太平清领经》，另外此书也非老夫所著，乃是老夫机缘巧合之下自一出泉水秘境中偶得的神书。”
“喔，厉害了……”
吴良也知道，《太平经》其实是后世的叫法，他叫顺口了而已。
至于到底是不是于吉所著，后世也是有两种说法，一种认为他就是作者，一种则是于吉现在的说法。