朝堂之上对叛乱这件事情的态度，与孔有德所想的完全不同，并没有发生朝堂之上，两方人马口若悬河的打嘴仗，争论是剿是抚的情况，甚至这件事情，没能在朝堂之上掀起一点波澜。
有关叛乱的公文发发到京城之后，压根就没有送到崇祯皇帝手中，内阁直接批复让山东巡抚和登莱巡抚自己解决，是剿灭还是招抚，全由他们自己决定，然后就不再管这件事情了了。
因为朝廷需要处理的事情实在是太多了，十一月初，大凌河结束，朝廷彻底战败，辽东的情势更加危急，所有人都担心，建奴会像崇祯二年一样，趁机入关攻打京师，每个人的心都是悬着的。
为此，朝廷不断的增兵稳定局势，甚至连四川兵都调来了，以免建奴真的入关，到时候没有足够的兵力来抵抗，，上一次建奴入关，没能攻破京师，谁也不敢保证，下一次京师依旧能安然无恙。
与此同时，陕西的流贼愈演愈烈，越剿越多不说，甚至还从陕西进入了山西地界，流贼人数也越来越多，其中以高迎祥，李自成，张献忠，马守应，刘国能，罗汝才，贺一龙等为贼首，流贼发展到了二十余万人。
本来平定流贼的行动还挺顺利，在三边总督杨鹤的带领下，剿抚并用，卓有成效，然而崇祯三年六月，洪承畴被任为延绥巡抚，大肆杀降，很多已就抚的流贼，纷纷降而复叛，崇祯一怒之下将杨鹤下狱u，洪承畴接任三边总督。
在洪承畴的围剿下，原本局限在陕西的流贼，因为扛不住洪承畴的进攻，纷纷向陕西，甘肃，河南一带流窜，而且不断的裹挟这些地方的普通民众，实力不断壮大，更加难以剿灭了。
而且流贼还有进一步东进的趋势，如若他们继续进军至山东境内，运河的漕运被切断，后果不堪设想，运河可是京师的命脉，湖广的粮食，江浙的赋税都需要通过运河，运抵京城。