尝到厉害的准格尔汗巴图尔，迅速向中亚地区收缩。
为了一雪前耻和防备已经推进到玉门的敌人，巴图尔正在积极扩军备战。
此时俄罗斯人递过来的橄榄枝，真可谓雪中送炭，双方很快达成了合作协议。
俄罗斯半价向准格尔出售火绳枪五万支，各型火炮两千门，战马三万匹，火药两百万斤（俄制单位），钢铁五百万斤，粮食一千万斤。
俄罗斯人开诚布公地告诉巴图尔，明国是双方共同的敌人，并许诺准格尔在与明国战争期间，俄罗斯的军事物资将向准格尔人敞开大门。
如果准格尔部要从欧洲地区进口军火，俄罗斯可以代为联络。
同时两国方情报共享，并建立战略联盟。
俄罗斯人提出的条件太优厚了，双方一拍即合。
同光元年，公元一六四六年七月，正在大明国内动**之际，满血复活的准格尔人趁着天策军主力平叛，再次卷土重来，杀向蒙古高原。
换装后的蒙古义勇军迅速迎战，双方在两百多万平方公里的土地上展开了激烈的战斗。
至一六四七年三月，准格尔人再次被打回了西域。
一六四七年五月，天策军从国内抽调天策军第一师，治安军八个甲字旅支援对准格尔的战斗。
同月，西北军区正式成立，第一师师长张继成出任西北军区司令员。
六月，西北军区兵分三路，全面进军西域。
九月，中路大军攻破乌鲁木齐（准格尔汗国命名，乾隆中期更名迪化）。
准格尔汗巴图尔向首都伊宁（令伊犁）撤退，并向俄罗斯求援。
十月，西北军区三路大军一路追击巴图尔，一路扫**南疆，一路挺进天山南北路。
一六四七年底，准格尔汗国首都伊宁被攻破，巴图尔于逃亡途中忧愤而死，其第五子僧格继承了台吉，准格尔残部逃往中亚。