温体仁知道崇祯皇帝最恨有人造反，这一块是他的逆鳞，触之即死，是以便唆使手下，一顶造反的大帽子扣了下去，只盼通过打击孙元化，来实现打击周延儒的目的。
这时只见御史余应桂挺身而出，说道：“臣余应桂，弹劾登莱巡抚孙元化，山东巡抚余大成，有负天恩，枉顾职守，致使孔有德叛乱，祸乱山东，危害社稷，首辅周延儒收受孙元化人参，貂皮贿赂，举荐孙元化，也负有失察之责，也应一并处分。”
兵科给事中李梦辰也站出附议，说道：“孔有德造反，一路杀官破县，何以对孙元化另眼相看，轻轻放回，此必是孙元化与孔有德早有勾结，图谋造反，皇上不可不察。”
又有御史路振飞出列，禀道：“皇上，山东如今糜烂一片，山东巡抚余大成，登莱巡抚孙元化两人乃是罪魁祸首，其罪当诛，又有首辅周延儒，包庇二人，意图开脱，也应一并获罪，严加责罚。”
周延儒气得浑身发抖，但是他一向涵养甚好，过了片刻，平息了一下心情，这才出列说道：“皇上，臣从未接受过孙元化任何贿赂，臣之所以力保孙元化，也非想要包庇于他，实在是孙元化人才难得，当初宁远一战，轰死老奴努尔哈赤的火炮，就是元化带人建造，其人精通火炮，擅长铸炮，火炮技术，在我大明无人能出其右。”
停了停，他又继续说道：“孙元化从师于徐光启徐大人，孙元化为人如何，徐大人想必是最清楚不过的。”
礼部尚书徐光启此时也在场，此时他年岁已老，今年刚好七十岁，德高望重，深受崇祯皇帝信赖，听闻周延儒提到自己的爱徒孙元化，心忖这次是躲不过去了，当即也颤巍巍地出列说道：“皇上，老臣有话要说。”
徐光启历经万历，天启，崇祯三任皇帝，堪称三朝元老，便是崇祯也不能不给他个面子，当即便温言说道：“老大人有话请讲。”