六月二十，被病痛折磨近半年之久的张居正，终于带着满腹的忧患和未竞的事业，离开了人世。当夜，辗转难眠的朱翊钧就接到了噩耗，在愣做了足足半晌后，他才亲自赶往慈宁宫报信，李太后披衣起床，母子二人相对而泣。
面对顾命大臣的离世，李太后一再叮嘱儿子，要为张居正隆重治理丧事，并厚恤家属。朱翊钧表示一定遵守母命。从慈宁宫归来，朱翊钧立即传下谕旨，宣布武百官停止上朝一月，谕示礼部设九坛制祭这是国葬的规格。
张居正生前受封上柱国、太师，大明开国以来，惟独他一人受到此等荣耀，即使李善长、姚广孝这样家喻户晓功勋卓著的国师宰辅，也从未获得过这样的荣耀。
张居正辞世后的第二天，朱翊钧又敕命给他赠官上柱国，赐谥“忠”，如此锦上添花之举，更是将张居正的声望推到了顶峰。
一时间，北京城中无论是高官大爵还是丁门小户，都如丧考妣，纷纷在家门口设下香案致祭，千般奠仪道不尽却是世人的百种哀思这其中难免有人是应景做给别人看的，但绝大多数官员，特别是那些平头百姓，却是真心实意地表达哀思。祭诗祭如潮汹涌，素幛挽帐充斥街道，这种声势也使皇上大受感染。
为了顺应民心，就张居正的丧事安排，他好几次找来内阁辅臣和司礼监太监一起会商征询意见。
因正值暑夏，天气炎热应张居正儿子们的请求，皇上准予将张居正的遗体三日内盛敛入棺，然后由钦天监选了吉日，于七月初移棺南归。同时差遣吏部、礼部各出一名四品员外郎，锦衣卫堂上官以及司礼监秉笔太监一名，四人共同护灵前往荆州。而在灵车出发那一天，从乌纱帽胡同到正阳门这段城区路上，沿途不但摆满了各大衙门特意设置的香案，更有数以万计的京城百姓赶来送行，十几里长街的两旁，挤满了跪地痛哭的人们，这场面令人十分感动。