对于大明太祖朱元璋的残酷镇压，明教徒，尤其是江南一带的明教徒自然极力反抗，但朱元璋乃是何人，杀人如麻之辈，他怎会容忍明教徒起义，所以在明初时期的明教徒的几次起义，几乎都在萌芽之中就被扑灭了。
为此，在明教徒损失惨重的情况下，明教高层人员不得不将所属力量转入地下，大部分成员也皆都隐姓埋名，甚至将基地转移到了闽浙一带，依靠海外岛屿与大明官府周旋。
他们不仅与元末事情残余势力如方国珍等后裔为吾，甚至还结交一些倭寇，可以说为了反抗朱元璋，他们几乎无所不用其极。
尤其是一些明教高层，他们煽动当地渔民，迫使他们加入明教，朝廷几次镇压，其实都只是镇压了那些被引诱逼迫的普通百姓，真正的明教徒，其实并未有什么损失。
但在明朝初期真正有大影响的明教徒起义还是发生在永乐十八年的唐赛儿起义。
那是在大明永乐十八年，也就是西元1420年，山东益都因为连年发生灾荒，再加上当时永乐帝营建北京城，使得临近山东河南等地百姓生活十分艰难。
而唐赛儿又本是白莲教徒，她利用明教演化而来的白莲教在山东地区的极大影响力，一呼百应，召集了数万人发动了这次起义。
虽然永乐帝朱棣很快就派人给镇压了，但此事对于鼎盛时期的大明而言，这绝对是一件彻头彻尾的丑事，因而后来史书不得不尽量遮掩，甚至为了平息百姓怨气，永乐帝还下旨减免了当地赋税。
至于那些被波及甚至参与起义之人，有很大一部分人均被杀了，但更多参与的普通百姓则被流放了。
而且，因为统军者柳升最后让唐赛儿不知所踪，导致永乐帝震怒，下令将柳升下狱，将参议、按察使、布政使以及出现起义各县的官吏全部处死，甚至为了防止唐赛儿出家为尼，混入道姑行列，永乐帝在同年三月和五月下令全国所有尼姑迁往京师。