可是朱由崧知道，要收拾眼前这个烂摊子决不能逞一时的匹夫之勇，必须讲些策略，但是一味地韬光养晦练气自强决不是上策，即便是有足够的时间，单独靠他一个人的文治武功也根本不可能下活这盘棋。
朱由崧不是个不学无术的狂妄之辈，作为一个二十一世纪受过高等教育的文史生，当然知道历史是一面镜子，现在南明的形势比一个月前更甚，他可不认为刚刚穿越过来的自己在这个位置上会比刚刚吊死在煤山的那位明思宗做得更好，朱由检尸骨未寒，他不能重蹈他的覆辙。
对于这个崇祯帝朱由崧是相当了解的，别看在他的任期内亡了国，但崇祯帝可不是个昏聩无能的君王，相反他是一个很有作为的皇帝，即位后大力铲除阉党，勤于政事，节俭朴素，事必躬亲，六下罪已诏。虽然在他身上有这样那样的缺点，但大明走到今天这一步，不能完全归咎于他。他只是在明末熙熙攘攘的泥潭中挣扎的一个，这个泥潭积重难返，事实证明单靠他一个即便有天大的本事也无力回天。
朱由崧清楚，要收拾眼前这个烂摊子，首先得想办法稳住时局，也即是在江南站稳脚跟，然后才有可能经营南明，发展经济，兵强马壮时再图北定中原，驱除鞑虏，一统华夷。
但要稳住时局，挡住清军南下的铁蹄，必须加强中央集权，现在南明还有上百万军队，只要这些文武大员同仇敌忾，八旗兵想打到江淮来也不是容易的。然而这些权臣和军阀，鬼头蛤蟆眼的都不鸟他这个皇上，各自心怀鬼胎，结党营私，卖官鬻爵，朋比为奸，要彻底改变这个现状必须得消除党争，要消除党争必须先清洗厂卫，但是要清洗厂卫，必须得搬开马士英这个野心勃勃的绊脚石。
然而现在的马士英已经成了气候，身为凤阳总督的他手下五万大军直接听命于他，他一手提拔起来的阮大铖现在是兵部右侍郎，还有操江提督诚意伯刘孔昭，京师提督赵之龙，保国公朱国弻，河南巡抚越其杰等等勋臣均是他的死党，更厉害的是他的儿子马銮现为锦衣卫都指挥使，就连司礼监掌印太监韩赞周也暗中跟马士英走得很近。因此马士英可谓树大根深，权倾朝野。