但是史可法一想到自己与马士英一党向来不睦，毫无瓜葛，身正不怕影子邪，陛下又这么善恶分明，最近处理的几件事英明而果断，应该不会诛连无辜，因此心里稍稍安定些。
果然朱由崧没有拿他说事，而是让六部之首的吏部尚书徐石麒配合他，立即着手整肃经营和操江水师，该补发饷银的由内帑支出补发饷银，不准拖欠一兵一卒半两银子的军费，该撤换的撤换，该调防的调防，该羁押的羁押，该砍头的也毫不留情。
由于马党刚伏法，怕引起京营兵和水师营的动**，朱由崧按照首恶者必办，协从者可以不问的原则，告诉史可法和刘宗周，马党罪魁祸首们均已伏法，此次整肃不可诛连太广，在整肃的过程中，由左右都御使左懋第和刘宗周全程监督，让祖海带锦衣卫密切配合，司礼监秉笔兼御马监掌印李国辅负总责。
锦衣卫都指挥使郑鸿逵当然不能闲着，马士英、阮大铖、赵之龙、朱国弻等虽然已经伏法，刘孔昭在押，但事情还远没有完，这些人的家属党羽须羁审。得由他负责审清问明后，是杀是放，拿出个具体方案。
查抄这几个大员可不是小事情，因此，朱由崧让吏部、礼部、户部和刑部配合郑鸿逵处理此事。
这次独没有给卢九德安排任务，但这个提督东厂的掌印太监很是老练，一点也不着急，知道皇上有自己的打算，朝堂如此换血，事情多着呢，皇上绝不会忘了自己。
果然，朱由崧将这些文武大员打发出去后，独把卢九德留了下来，“朕交给你一项重要的任务，命你为河南总督，代表朕到睢州住上几天，慰军督师，记住不准欠军费一兵一卒，一两一文，朕给你拨付军费一百万两由内帑支付，连同整肃之后的两万京营兵归你调度，军队和军费随后就到。”