水师作为远征军的一个重要兵种，这次也配合朱由崧远征大清，这是朱由崧第二次铸练新军以来，水师营第一次参加战斗。
水师的编制仍然是5万，水师的指挥使是仍然是铁臂苍龙贺兆雄。这是与明军的旧水师相同的地方。
但是新的远征军水师与旧明军水师相比，不一样的地方太多了，首先是装备的更新换代，主要表现在舰船和舰船的火力配置上。
现在大明远征军水师舰船，是清一色的超荷兰技术。因为这一时期，荷兰人的造船技术是非常厉害的，堪称是世界一流，首屈一指，要不然海上的马车夫的称号也轮不到他们。
朱由崧在吸取荷兰人造船技术的基础上，加以改进和改装，这是宋应星，宋应升哥俩和汤若望等几个军工专家，呕心沥血，日以继夜，努力了几个月的成果之一。
现在，大明的水师战舰，不但吨位大，而且航速高，顺水顺风就不用说了，有很强的逆风逆水航行能力。
而且操控舰船相对来说简单，一艘大战舰，只需要数人就可以完成操作，解放出更多的人力用于作战。
第二个明显的方面，是战舰火力配备有了很大的提升。这一点不说与明军的旧水师战舰作比，即使与先进的荷兰战舰相比，也有明显的改进。这里主要是指汤若望他们改进的大炮，装到了战舰上，而什么千斤佛郎机，原来的红衣大炮全部拆除，装上了清一色的新式大炮。
一艘大战舰，分为上下三层，一层装三门这样的大炮，这样舰船的一侧可以装九门炮，也就是说舰船的两侧装有18门大炮，另外前后各装一门大炮，这样一艘大战舰共装20门大炮，火力打击的威力和射程，已经远远超出了原来的24门舰装大炮，能够打击四面八方各个方向的敌人。
另外每艘大舰上还设有若干火枪手和弓箭手，那就实现了战力的远近覆盖，一艘战舰可以打击方圆十里地以内的范围，也就是说，一艘这样的战舰，它的作战半径可达五公里。