正如冯谦所预料的一般，万历六年的张居正注定与从前不同。
经历过夺情之变，他已经不再是朝野公尊的百官之师，在更多人的眼中，他只不过是一个玩弄权术、镇压异类、污点显而易见的政客。以这样的身份，再施行从前的新政，其阻碍只会更大，遭到的不满和非议也只会更多。
可惜，历史没有如果，只有因果。因为他必须坐在这个位置上，所以注定要夺情。因为夺情，也必然导致他的道路更加的坎坷。如果说有什么是他始料未及的，大概就是从夺情事件开始，陆准就一发不可收拾的真正崛起了。
政务上，陆准管不着，不会管，也不想管。但军事上，随着他地位的再一次变动，南北两京的勋贵势力已经彻底以他为首，京营、禁军牢牢掌控在他的手中。没有他的首肯，张居正想要动一动涉及军事的事务可谓是难度颇大。
当然，戚继光作为张居正一手提拔、保护的将领，对于张居正还是一如既往地恭顺、听话，但这对于张居正而言却是杯水车薪。别的不提，戚继光腹背两面，一面是陆准手中的京营，另一面则是同样归附于陆准的辽东李成梁，论武器装备，戚继光部比不上二者；论战功战绩，在北面，他也无法与李成梁的连连大捷相提并论。
如果不是陆准这个人还是比较爱才的，而且也没有故意折腾戚继光的意思的话，那么这位宿将怕是早就要被定为廉颇老矣，好好问问尚能饭否了。
军事方面的完全失控，再加上张居正对于南直隶掌控度越来越弱，让张居正感觉到了一种浓浓的危险。为了不被陆准掣肘，他只能答应陆准看似并不过分的要求，作为他不捣乱的报酬。
从土木堡之变开始就被文官彻底压制下去的武官，就此有了明显的抬头迹象。而最为引人注目的两点，其一，是随着张居正对于府州县学生员数量的压制，各级武学反而是办得热热闹闹，尤其是在南直隶控制下的地域之中，可谓是遍地开花了。其二，则是在陆准一而再、再而三的闹腾之下，张居正不得不同意将不痛不痒没什么实际作用的武举考试的权力转化归了五军都督府。