崇祯十年二月，即位不到一个月的太子朱慈主动禅位给弟弟定王，年号依然是夏天南定下的永历，自己则变成了一个普通的皇子，而且终身没有踏出慈庆宫方圆一里的范围。杨嗣昌和吴三桂则以“矫诏”并且擅自残害同僚的罪名被处斩，帮助朱慈顶了罪，两万关宁铁骑被收编，与山东的骑兵合并，组成了一支三万人左右的精锐骑兵。
辽东军阀集团的话事人祖大寿则接到了京城的命令，让他进京面圣，并“高升”为五军都督府左都督，同时协理京营戎政。放在以往，这种“杯酒释兵权”的套路绝不会让祖大寿上钩，可是当吴三桂被处斩的消息传回来后，加上琼海军宣称即将北上宁远“演习”，面对重重压力，祖大寿终于在夏天南派出的秘使威逼利诱下放弃了军权，去京城养老。接替辽东总兵官和征辽前锋将军的人选则是在辽南立下赫赫战功的孛日帖赤那，也就是前琼海军陆战队指挥官慕容龙城。接替陆战队指挥权的则是副手博尔忽。
永历皇帝继承大统后，颁布圣旨，在京城修建“征虏大将军府”，规定全事和重大政治决定都要通过大将军的决定才能施行。永历元年之后，大将军府成了明王朝实际上的权力中心，与日本的幕府有异曲同工之妙。夏天南通过这种“和平演变”的方式掌握了大权，却没有引起全国太大的反弹。
琼海军成了将军府直属部队，将驻地移到了天津卫，并且继续扩充，达到了八万人，并保持了将近五万人的预备役部队。由于大将军府决定今后的对外战争都交给琼海军承担，所以几大边镇的军队，除了关宁军是按照琼海军的方式改编外，其余边镇都进行了兵员清理，裁撤冗员、削减空饷名额，缩减了军队规模，据实拨付粮饷，一定程度上减轻了中央财政负担。