第一批清洗已经告一段落， 其余人的议罪大多就是走一个形式。但国家目前面临的问题，现在已经清晰地摆在台面上。
首先，尚书台及各部、九卿、以及大部分文吏僚属缺额极大， 需要及时从各州郡遴选。再者，司州的乱军四散开来， 没有了王叡的统领， 反倒开始作乱。灾民需要调拨粮食赈济，军户、在籍的良民也要遣返回原籍。同样，王叡也要迅速缉捕归案。尽管王济的供词中没有任何证据指向王叡参与到谋反之中， 但是王济本身就是谋逆罪，子孙自然也都不能幸免。
最后， 渤海王既然已死，那么与楚国的联姻也就搁置了。楚国公主如今已经过江， 是否遣人送返也要再议，但朝野中不乏有声音要求皇帝本人将楚国公主接纳下来。国家需要休养生息， 没有力气去打一场举国之战。
尚书台最先做了整改，诸多曹令合并， 减为六曹， 即吏部、民部、祠部、七兵、都官、度支。以录尚书为长官，令、仆射副之，置六尚书、二丞。
其中祠部合并了原来的祠部、仪曹， 掌宗庙祭祀礼乐制度，从九卿之一太常里瓜分了大部分礼仪职权。而原来的太常仅剩下管理皇帝陵墓、寝庙所在县邑，每月巡视诸陵， 并兼管太学部分事务， 算是彻底的高位虚置养老岗。祠部尚书现由侍中孔昱兼任。
民部合并了原来的左右民曹，掌民事及土木工程， 削减了司空的职事，将作大匠弃置不用，新民部尚书由原来的将作大匠陆扩继任。
七兵尚书掌军事枢务，主管全国军事行政，领左右中兵、外兵，及骑兵、别兵、都兵七郎曹，掌全国兵籍、征兵、仪仗。从本质上来说，打破了一部分州刺史加兵的统治壁垒，国家对兵力会有一个更为直观的了解。七兵尚书目前尚未置，但未来或属宗王，或属寒门。