洪武时期, 官方医疗机构分为皇家专用，和地方医事。
皇家专用，其中最著名的太医院是五品衙门, 设令一人，丞一人，吏目一人，属官御医四人，专供居住在皇宫的朱家男人服务，朱元璋、朱标、朱雄英，以及尚未成年的皇子们。
洪武二十二年, 太医令改为院使，丞改为院判，再后来院判增设为两人，吏目十人, 属官御医十人，以及若干后备医士。
太医院衙门位于宫外, 皇宫占地面积宽广, 宫内贵人有个头疼脑热, 传唤太医来回需得一两个时辰，贵人病痛哪能耽误这许久。
于是在宫内令设一机构, 名为御药局，主要职责是管理药材。
御药局设尚药、奉御两人, 直长两人, 药童十人，均由宫内的太监、宫女担任, 同时要求太医院的御医，每日四人同院使、院判共入御药局轮值, 专为皇帝及皇子们服务。
还有一典药局，职责与御药房基本相同，但其属于东宫六局之一，专为皇太子一家服务，目前也就是服务于朱标和朱雄英。
再有尚食局的司药服务于后宫诸妃，安乐堂服务于皇宫内官，以及月子房专为后妃产育服务。
除了以上皇宫部分，还有王府良医所，专门服务于分封出宫的诸王。
地方医事的主要代表是惠民药局，专为贫民提供医药服务，当然虽有优惠，但非免费。
其中太医院御医的主要来源为医户、外访保举、捐纳三种渠道。
史书记载，朱元璋将于洪武十三年创立黄册制度，类似于现代户口本，不一样的地方是他按照职业，把百姓分为民、军、匠三类，且必须子承父业，不可擅自变乱。
换而言之，父亲当兵，儿子也得当兵，孙子也得当兵，世世代代都得当兵，父亲打铁，儿子也得打铁，孙子也得打铁，世世代代都得打铁......