大明的六部九卿由来已久，西周时期设六部，分别为司徒、司马、司空、司寇、大行人、宗伯，隋唐后演变为吏、户、礼、兵、刑、工六部。
九卿的发展又不相同，秦汉时期是指奉常、郎中令、卫尉、太仆、大理寺卿、典客、宗正、治粟内史和少府这九个部门，后逐渐缩减，至明代只剩下大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。
再加上都察院、通政使司，基本上就是大明全部的权力机构。
至于翰林院，则是大明的文史研究加人才储备机构，每一届科举产生的新科进士大概有三百名，通常来说，前一百名会留在翰林院，每日抄抄写写，积累经验，等待机会。
随着科学院的兴起，翰林院地位日渐式微，因为这些翰林老爷们只读经史，不涉及其他学科，现如今新政已经全面铺开，传统的读书人已经愈发感觉到吃力。
朱祁镇大笔一挥，直接将翰林院改为文史研究院。
然后写上内阁两个大字，在后面打了个叉。
当初朱元璋废中书省，咱朱家子孙不能忘本，干就完了！
于谦继续任兵部尚书，曹鼐任吏部尚书，邝埜已经交了三份辞呈，看样子是真的干不动了，便由张益来接任任礼部尚书。
彭清这边需要新设海事总督府，与六部平级，并在海外诸国设领事馆，长期派驻官员。
科学院的变化最大，需要将与其他六部相关的学科独立出来，分设在六部名下，比如户部的农学研究所，算学研究所；工部的土木研究所，水利研究所；兵部的武器装备研究所等等。
除此之外，科学院还需要负责教学和科举，并将考题分为文史、理学、工学、武科等不同类别，诸学子可根据自己的特长报名，参加相对应的考试。
三日之后，贝琳拿着一份厚厚的章程进宫。