对于满清的再次求和，明廷内部果然有不同的意见。
其中赞成者认为，明军已经打得够远了，再往西征，后方补给的压力太大，国家实在没有财力支应，还是见好就收吧，只要满清保证不越过鄂尔噶汗山-喀喇莽鼐岭-和托和尔山（西萨彦岭-阿尔泰山）东进，便可以接受其去帝号向大明臣服的要求。
而反对者认为，满清一贯言而无信，且虎狼成性，因此一旦停止对满清的攻击，其国必然迅速恢复元气，不久又会重新成为大明的边患，扰得大明边疆不宁，所以，现在应该“宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王”。
正当赞成和议者与反对和议者针锋相对，谁也没办法说服谁的时候，弘光十八（1662）年的夏天到了，这个夏天，天似乎漏了，黄河、长江、淮河、珠江流域相继暴雨灾，大半个中国随即泡在了水中，虽说黄河改道工程刚刚完成、淮河下游也有了东向的灌溉总渠和南向的新三河联通长江，算是有效的分流了黄淮地区的水势，减少了黄淮中下游水患，但淮河上游和长江沿线、珠江沿线还是出现了大规模的溃堤和水侵，数以万计的百姓被洪水吞噬，另外数百万大明子民被迫流离失所。
好了，什么都别说了，全力救灾吧，朱由崧立刻命令刚刚验收完黄河改道工程及帮宿（迁、开）封马拉列车轨道奠基的太子朱慈焈前往灾区巡视，并随后调拨了三百万银贯的救灾款及另外价值三百万银贯的粮食给予各灾区。
同时，朱由崧还明命各地巡按、东厂、锦衣卫盯住救灾过程，避免有人侵吞救灾钱粮及趁机逼迫流民成为大户的奴仆和附庸。
除了就地救灾外，朱由崧还趁机以官府组织的形式进行了大规模的移民，将长江、珠江流域的受灾百姓迁移到黄河以北及安南等地多人少的地区安置，而黄淮地区的灾民则被迁往了辽宁等东北各道，置于海外各藩也趁机抢人，将至少十几万灾区百姓分流到了海外，也算是有力的动摇了大明南方的人身依附关系，一定程度上重创了南方多地的地主士绅阶层。